Merge pull request #107 from gvwilson/training-survey
[rnaseq-cwl-training.git] / bin / lesson_initialize.py
1 #!/usr/bin/env python
2
3 """Initialize a newly-created repository."""
4
5
6 from __future__ import print_function
7 import sys
8 import os
9
10 ROOT_AUTHORS = '''\
11 FIXME: list authors' names and email addresses.
12 '''
13
14 ROOT_CITATION = '''\
15 FIXME: describe how to cite this lesson.
16 '''
17
18 ROOT_CONTRIBUTING_MD = '''\
19 # Contributing
20
21 [Software Carpentry][swc-site] and [Data Carpentry][dc-site] are open source projects,
22 and we welcome contributions of all kinds:
23 new lessons,
24 fixes to existing material,
25 bug reports,
26 and reviews of proposed changes are all welcome.
27
28 ## Contributor Agreement
29
30 By contributing,
31 you agree that we may redistribute your work under [our license](LICENSE.md).
32 In exchange,
33 we will address your issues and/or assess your change proposal as promptly as we can,
34 and help you become a member of our community.
35 Everyone involved in [Software Carpentry][swc-site] and [Data Carpentry][dc-site]
36 agrees to abide by our [code of conduct](CONDUCT.md).
37
38 ## How to Contribute
39
40 The easiest way to get started is to file an issue
41 to tell us about a spelling mistake,
42 some awkward wording,
43 or a factual error.
44 This is a good way to introduce yourself
45 and to meet some of our community members.
46
47 1.  If you do not have a [GitHub][github] account,
48     you can [send us comments by email][contact].
49     However,
50     we will be able to respond more quickly if you use one of the other methods described below.
51
52 2.  If you have a [GitHub][github] account,
53     or are willing to [create one][github-join],
54     but do not know how to use Git,
55     you can report problems or suggest improvements by [creating an issue][issues].
56     This allows us to assign the item to someone
57     and to respond to it in a threaded discussion.
58
59 3.  If you are comfortable with Git,
60     and would like to add or change material,
61     you can submit a pull request (PR).
62     Instructions for doing this are [included below](#using-github).
63
64 ## Where to Contribute
65
66 1.  If you wish to change this lesson,
67     please work in <https://github.com/swcarpentry/FIXME>,
68     which can be viewed at <https://swcarpentry.github.io/FIXME>.
69
70 2.  If you wish to change the example lesson,
71     please work in <https://github.com/swcarpentry/lesson-example>,
72     which documents the format of our lessons
73     and can be viewed at <https://swcarpentry.github.io/lesson-example>.
74
75 3.  If you wish to change the template used for workshop websites,
76     please work in <https://github.com/swcarpentry/workshop-template>.
77     The home page of that repository explains how to set up workshop websites,
78     while the extra pages in <https://swcarpentry.github.io/workshop-template>
79     provide more background on our design choices.
80
81 4.  If you wish to change CSS style files, tools,
82     or HTML boilerplate for lessons or workshops stored in `_includes` or `_layouts`,
83     please work in <https://github.com/swcarpentry/styles>.
84
85 ## What to Contribute
86
87 There are many ways to contribute,
88 from writing new exercises and improving existing ones
89 to updating or filling in the documentation
90 and and submitting [bug reports][issues]
91 about things that don't work, aren't clear, or are missing.
92 If you are looking for ideas,
93 please see [the list of issues for this repository][issues],
94 or the issues for [Data Carpentry][dc-issues]
95 and [Software Carpentry][swc-issues] projects.
96
97 Comments on issues and reviews of pull requests are just as welcome:
98 we are smarter together than we are on our own.
99 Reviews from novices and newcomers are particularly valuable:
100 it's easy for people who have been using these lessons for a while
101 to forget how impenetrable some of this material can be,
102 so fresh eyes are always welcome.
103
104 ## What *Not* to Contribute
105
106 Our lessons already contain more material than we can cover in a typical workshop,
107 so we are usually *not* looking for more concepts or tools to add to them.
108 As a rule,
109 if you want to introduce a new idea,
110 you must (a) estimate how long it will take to teach
111 and (b) explain what you would take out to make room for it.
112 The first encourages contributors to be honest about requirements;
113 the second, to think hard about priorities.
114
115 We are also not looking for exercises or other material that only run on one platform.
116 Our workshops typically contain a mixture of Windows, Mac OS X, and Linux users;
117 in order to be usable,
118 our lessons must run equally well on all three.
119
120 ## Using GitHub
121
122 If you choose to contribute via GitHub,
123 you may want to look at
124 [How to Contribute to an Open Source Project on GitHub][how-contribute].
125 In brief:
126
127 1.  The published copy of the lesson is in the `gh-pages` branch of the repository
128     (so that GitHub will regenerate it automatically).
129     Please create all branches from that,
130     and merge the [master repository][repo]'s `gh-pages` branch into your `gh-pages` branch
131     before starting work.
132     Please do *not* work directly in your `gh-pages` branch,
133     since that will make it difficult for you to work on other contributions.
134
135 2.  We use [GitHub flow][github-flow] to manage changes:
136     1.  Create a new branch in your desktop copy of this repository for each significant change.
137     2.  Commit the change in that branch.
138     3.  Push that branch to your fork of this repository on GitHub.
139     4.  Submit a pull request from that branch to the [master repository][repo].
140     5.  If you receive feedback,
141         make changes on your desktop and push to your branch on GitHub:
142         the pull request will update automatically.
143
144 Each lesson has two maintainers who review issues and pull requests
145 or encourage others to do so.
146 The maintainers are community volunteers,
147 and have final say over what gets merged into the lesson.
148
149 ## Other Resources
150
151 General discussion of [Software Carpentry][swc-site] and [Data Carpentry][dc-site]
152 happens on the [discussion mailing list][discuss-list],
153 which everyone is welcome to join.
154 You can also [reach us by email][contact].
155
156 [contact]: mailto:admin@software-carpentry.org
157 [dc-issues]: https://github.com/issues?q=user%3Adatacarpentry
158 [dc-lessons]: http://datacarpentry.org/lessons/
159 [dc-site]: http://datacarpentry.org/
160 [discuss-list]: http://lists.software-carpentry.org/listinfo/discuss
161 [example-site]: https://swcarpentry.github.io/lesson-example/
162 [github]: http://github.com
163 [github-flow]: https://guides.github.com/introduction/flow/
164 [github-join]: https://github.com/join
165 [how-contribute]: https://egghead.io/series/how-to-contribute-to-an-open-source-project-on-github
166 [issues]: https://github.com/swcarpentry/FIXME/issues/
167 [repo]: https://github.com/swcarpentry/FIXME/
168 [swc-issues]: https://github.com/issues?q=user%3Aswcarpentry
169 [swc-lessons]: http://software-carpentry.org/lessons/
170 [swc-site]: http://software-carpentry.org/
171 '''
172
173 ROOT_CONFIG_YML = '''\
174 #------------------------------------------------------------
175 # Values for this lesson.
176 #------------------------------------------------------------
177
178 # Which carpentry is this ("swc" or "dc")?
179 carpentry: "swc"
180
181 # Overall title for pages.
182 title: "Lesson Title"
183
184 # Contact email address.
185 email: lessons@software-carpentry.org
186
187 #------------------------------------------------------------
188 # Generic settings (should not need to change).
189 #------------------------------------------------------------
190
191 # What kind of thing is this ("workshop" or "lesson")?
192 kind: "lesson"
193
194 # Magic to make URLs resolve both locally and on GitHub.
195 # See https://help.github.com/articles/repository-metadata-on-github-pages/.
196 repository: <USERNAME>/<PROJECT>
197
198 # Sites.
199 amy_site: "https://amy.software-carpentry.org/workshops"
200 dc_site: "http://datacarpentry.org"
201 swc_github: "https://github.com/swcarpentry"
202 swc_site: "https://software-carpentry.org"
203 swc_pages: "https://swcarpentry.github.io"
204 template_repo: "https://github.com/swcarpentry/styles"
205 example_repo: "https://github.com/swcarpentry/lesson-example"
206 example_site: "https://swcarpentry.github.com/lesson-example"
207 workshop_repo: "https://github.com/swcarpentry/workshop-template"
208 workshop_site: "https://swcarpentry.github.io/workshop-template"
209 training_site: "https://swcarpentry.github.io/instructor-training"
210
211 # Surveys.
212 pre_survey: "https://www.surveymonkey.com/r/swc_pre_workshop_v1?workshop_id="
213 post_survey: "https://www.surveymonkey.com/r/swc_post_workshop_v1?workshop_id="
214 training_post_survey: "https://www.surveymonkey.com/r/post-instructor-training"
215
216 # Start time in minutes (0 to be clock-independent, 540 to show a start at 09:00 am).
217 start_time: 0
218
219 # Specify that things in the episodes collection should be output.
220 collections:
221   episodes:
222     output: true
223     permalink: /:path/
224   extras:
225     output: true
226
227 # Set the default layout for things in the episodes collection.
228 defaults:
229   - values:
230       root: ..
231   - scope:
232       path: ""
233       type: episodes
234     values:
235       layout: episode
236
237 # Files and directories that are not to be copied.
238 exclude:
239   - Makefile
240   - bin
241
242 # Turn off built-in syntax highlighting.
243 highlighter: false
244 '''
245
246 ROOT_INDEX_MD = '''\
247 ---
248 layout: lesson
249 root: .
250 ---
251 FIXME: home page introduction
252
253 > ## Prerequisites
254 >
255 > FIXME
256 {: .prereq}
257 '''
258
259 ROOT_REFERENCE_MD = '''\
260 ---
261 layout: reference
262 permalink: /reference/
263 ---
264
265 ## Glossary
266
267 FIXME
268 '''
269
270 ROOT_SETUP_MD = '''\
271 ---
272 layout: page
273 title: Setup
274 permalink: /setup/
275 ---
276 FIXME
277 '''
278
279 EPISODES_INTRODUCTION_MD = '''\
280 ---
281 title: "Introduction"
282 teaching: 0
283 exercises: 0
284 questions:
285 - "Key question"
286 objectives:
287 - "First objective."
288 keypoints:
289 - "First key point."
290 ---
291 '''
292
293 EXTRAS_ABOUT_MD = '''\
294 ---
295 layout: page
296 title: About
297 permalink: /about/
298 ---
299 {% include carpentries.html %}
300 '''
301
302 EXTRAS_DISCUSS_MD = '''\
303 ---
304 layout: page
305 title: Discussion
306 permalink: /discuss/
307 ---
308 FIXME
309 '''
310
311 EXTRAS_FIGURES_MD = '''\
312 ---
313 layout: page
314 title: Figures
315 permalink: /figures/
316 ---
317 {% include all_figures.html %}
318 '''
319
320 EXTRAS_GUIDE_MD = '''\
321 ---
322 layout: page
323 title: "Instructor Notes"
324 permalink: /guide/
325 ---
326 FIXME
327 '''
328
329 INCLUDES_ALL_FIGURES_HTML = '''\
330 <!-- empty -->
331 '''
332
333 BOILERPLATE = (
334     ('AUTHORS', ROOT_AUTHORS),
335     ('CITATION', ROOT_CITATION),
336     ('CONTRIBUTING.md', ROOT_CONTRIBUTING_MD),
337     ('_config.yml', ROOT_CONFIG_YML),
338     ('index.md', ROOT_INDEX_MD),
339     ('reference.md', ROOT_REFERENCE_MD),
340     ('setup.md', ROOT_SETUP_MD),
341     ('_episodes/01-introduction.md', EPISODES_INTRODUCTION_MD),
342     ('_extras/about.md', EXTRAS_ABOUT_MD),
343     ('_extras/discuss.md', EXTRAS_DISCUSS_MD),
344     ('_extras/figures.md', EXTRAS_FIGURES_MD),
345     ('_extras/guide.md', EXTRAS_GUIDE_MD),
346     ('_includes/all_figures.html', INCLUDES_ALL_FIGURES_HTML)
347 )
348
349
350 def main():
351     """Check for collisions, then create."""
352
353     # Check.
354     errors = False
355     for (path, _) in BOILERPLATE:
356         if os.path.exists(path):
357             print('Warning: {0} already exists.'.format(path), file=sys.stderr)
358             errors = True
359     if errors:
360         print('**Exiting without creating files.**', file=sys.stderr)
361         sys.exit(1)
362
363     # Create.
364     for (path, content) in BOILERPLATE:
365         with open(path, 'w') as writer:
366             writer.write(content)
367
368
369 if __name__ == '__main__':
370     main()