Lesson initializer
[rnaseq-cwl-training.git] / bin / lesson_initialize.py
1 #!/usr/bin/env python
2
3 """Initialize a newly-created repository."""
4
5
6 import sys
7 import os
8
9
10 ROOT_AUTHORS = '''\
11 FIXME: list authors' names and email addresses.
12 '''
13
14 ROOT_CITATION = '''\
15 FIXME: describe how to cite this lesson.
16 '''
17
18 ROOT_CONTRIBUTING_MD = '''\
19 # Contributing
20
21 [Software Carpentry][swc-site] and [Data Carpentry][dc-site] are open source projects,
22 and we welcome contributions of all kinds:
23 new lessons,
24 fixes to existing material,
25 bug reports,
26 and reviews of proposed changes are all welcome.
27
28 ## Contributor Agreement
29
30 By contributing,
31 you agree that we may redistribute your work under [our license](LICENSE.md).
32 In exchange,
33 we will address your issues and/or assess your change proposal as promptly as we can,
34 and help you become a member of our community.
35 Everyone involved in [Software Carpentry][swc-site] and [Data Carpentry][dc-site]
36 agrees to abide by our [code of conduct](CONDUCT.md).
37
38 ## How to Contribute
39
40 The easiest way to get started is to file an issue
41 to tell us about a spelling mistake,
42 some awkward wording,
43 or a factual error.
44 This is a good way to introduce yourself
45 and to meet some of our community members.
46
47 1.  If you do not have a [GitHub][github] account,
48     you can [send us comments by email][contact].
49     However,
50     we will be able to respond more quickly if you use one of the other methods described below.
51
52 2.  If you have a [GitHub][github] account,
53     or are willing to [create one][github-join],
54     but do not know how to use Git,
55     you can report problems or suggest improvements by [creating an issue][issues].
56     This allows us to assign the item to someone
57     and to respond to it in a threaded discussion.
58
59 3.  If you are comfortable with Git,
60     and would like to add or change material,
61     you can submit a pull request (PR).
62     Instructions for doing this are [included below](#using-github).
63
64 ## Where to Contribute
65
66 1.  If you wish to change this example lesson,
67     please work in <https://github.com/swcarpentry/lesson-example>.
68     This lesson documents the format of our lessons,
69     and can be viewed at <https://swcarpentry.github.io/lesson-example>.
70
71 2.  If you wish to change the template used for workshop websites,
72     please work in <https://github.com/swcarpentry/workshop-template>.
73     The home page of that repository explains how to set up workshop websites,
74     while the extra pages in <https://swcarpentry.github.io/workshop-template>
75     provide more background on our design choices.
76
77 3.  If you wish to change CSS style files, tools,
78     or HTML boilerplate for lessons or workshops stored in `_includes` or `_layouts`,
79     please work in <https://github.com/swcarpentry/styles>.
80
81 ## What to Contribute
82
83 There are many ways to contribute,
84 from writing new exercises and improving existing ones
85 to updating or filling in the documentation
86 and and submitting [bug reports][issues]
87 about things that don't work, aren't clear, or are missing.
88 If you are looking for ideas,
89 please see [the list of issues for this repository][issues],
90 or the issues for [Data Carpentry][dc-issues]
91 and [Software Carpentry][swc-issues] projects.
92
93 Comments on issues and reviews of pull requests are just as welcome:
94 we are smarter together than we are on our own.
95 Reviews from novices and newcomers are particularly valuable:
96 it's easy for people who have been using these lessons for a while
97 to forget how impenetrable some of this material can be,
98 so fresh eyes are always welcome.
99
100 ## What *Not* to Contribute
101
102 Our lessons already contain more material than we can cover in a typical workshop,
103 so we are usually *not* looking for more concepts or tools to add to them.
104 As a rule,
105 if you want to introduce a new idea,
106 you must (a) estimate how long it will take to teach
107 and (b) explain what you would take out to make room for it.
108 The first encourages contributors to be honest about requirements;
109 the second, to think hard about priorities.
110
111 We are also not looking for exercises or other material that only run on one platform.
112 Our workshops typically contain a mixture of Windows, Mac OS X, and Linux users;
113 in order to be usable,
114 our lessons must run equally well on all three.
115
116 ## Using GitHub
117
118 If you choose to contribute via GitHub,
119 you may want to look at
120 [How to Contribute to an Open Source Project on GitHub][how-contribute].
121 In brief:
122
123 1.  The published copy of the lesson is in the `gh-pages` branch of the repository
124     (so that GitHub will regenerate it automatically).
125     Please create all branches from that,
126     and merge the [master repository][repo]'s `gh-pages` branch into your `gh-pages` branch
127     before starting work.
128     Please do *not* work directly in your `gh-pages` branch,
129     since that will make it difficult for you to work on other contributions.
130
131 2.  We use [GitHub flow][github-flow] to manage changes:
132     1.  Create a new branch in your desktop copy of this repository for each significant change.
133     2.  Commit the change in that branch.
134     3.  Push that branch to your fork of this repository on GitHub.
135     4.  Submit a pull request from that branch to the [master repository][repo].
136     5.  If you receive feedback,
137         make changes on your desktop and push to your branch on GitHub:
138         the pull request will update automatically.
139
140 Each lesson has two maintainers who review issues and pull requests
141 or encourage others to do so.
142 The maintainers are community volunteers,
143 and have final say over what gets merged into the lesson.
144
145 ## Other Resources
146
147 General discussion of [Software Carpentry][swc-site] and [Data Carpentry][dc-site]
148 happens on the [discussion mailing list][discuss-list],
149 which everyone is welcome to join.
150 You can also [reach us by email][contact].
151
152 [contact]: mailto:admin@software-carpentry.org
153 [dc-issues]: https://github.com/issues?q=user%3Adatacarpentry
154 [dc-lessons]: http://datacarpentry.org/lessons/
155 [dc-site]: http://datacarpentry.org/
156 [discuss-list]: http://lists.software-carpentry.org/listinfo/discuss
157 [example-site]: https://swcarpentry.github.io/lesson-example/
158 [github]: http://github.com
159 [github-flow]: https://guides.github.com/introduction/flow/
160 [github-join]: https://github.com/join
161 [how-contribute]: https://egghead.io/series/how-to-contribute-to-an-open-source-project-on-github
162 [issues]: https://github.com/swcarpentry/lesson-example/issues/
163 [repo]: https://github.com/swcarpentry/lesson-example/
164 [swc-issues]: https://github.com/issues?q=user%3Aswcarpentry
165 [swc-lessons]: http://software-carpentry.org/lessons/
166 [swc-site]: http://software-carpentry.org/
167 '''
168
169 ROOT_CONFIG_YML = '''\
170 #------------------------------------------------------------
171 # Values for this lesson.
172 #------------------------------------------------------------
173
174 # Which carpentry is this ("swc" or "dc")?
175 carpentry: "swc"
176
177 # Overall title for pages.
178 title: "Lesson Title"
179
180 # Contact email address.
181 email: lessons@software-carpentry.org
182
183 #------------------------------------------------------------
184 # Generic settings (should not need to change).
185 #------------------------------------------------------------
186
187 # What kind of thing is this ("workshop" or "lesson")?
188 kind: "lesson"
189
190 # Magic to make URLs resolve both locally and on GitHub.
191 # See https://help.github.com/articles/repository-metadata-on-github-pages/.
192 repository: <USERNAME>/<PROJECT>
193
194 # Sites.
195 amy_site: "https://amy.software-carpentry.org/workshops"
196 dc_site: "https://datacarpentry.org"
197 swc_github: "https://github.com/swcarpentry"
198 swc_site: "https://software-carpentry.org"
199 template_repo: "https://github.com/swcarpentry/styles"
200 example_repo: "https://github.com/swcarpentry/lesson-example"
201 example_site: "https://swcarpentry.github.com/lesson-example"
202 workshop_repo: "https://github.com/swcarpentry/workshop-template"
203 workshop_site: "https://swcarpentry.github.io/workshop-template"
204
205 # Surveys.
206 pre_survey: "https://www.surveymonkey.com/r/swc_pre_workshop_v1?workshop_id="
207 post_survey: "https://www.surveymonkey.com/r/swc_post_workshop_v1?workshop_id="
208
209 # Start time in minutes (540 is 09:00 am)
210 start_time: 540
211
212 # Specify that things in the episodes collection should be output.
213 collections:
214   episodes:
215     output: true
216     permalink: /:path/
217   extras:
218     output: true
219
220 # Set the default layout for things in the episodes collection.
221 defaults:
222   - scope:
223       path: ""
224       type: episodes
225     values:
226       layout: episode
227
228 # Files and directories that are not to be copied.
229 exclude:
230   - Makefile
231   - bin
232
233 # Turn off built-in syntax highlighting.
234 highlighter: false
235 '''
236
237 ROOT_INDEX_MD = '''\
238 ---
239 layout: lesson
240 ---
241 FIXME: home page introduction
242
243 > ## Prerequisites
244 >
245 > FIXME
246 {: .prereq}
247 '''
248
249 ROOT_REFERENCE_MD = '''\
250 ---
251 layout: reference
252 permalink: /reference/
253 ---
254
255 ## Glossary
256
257 FIXME
258 '''
259
260 ROOT_SETUP_MD = '''\
261 ---
262 layout: page
263 title: Setup
264 permalink: /setup/
265 ---
266 FIXME
267 '''
268
269 EPISODES_INTRODUCTION_MD = '''\
270 ---
271 title: "Introduction"
272 teaching: 0
273 exercises: 0
274 questions:
275 - "Key question"
276 objectives:
277 - "First objective."
278 keypoints:
279 - "First key point."
280 ---
281 '''
282
283 EXTRAS_ABOUT_MD = '''\
284 ---
285 layout: page
286 title: About
287 permalink: /about/
288 ---
289 {% include carpentries.html %}
290 '''
291
292 EXTRAS_DISCUSS_MD = '''\
293 ---
294 layout: page
295 title: Discussion
296 permalink: /discuss/
297 ---
298 FIXME
299 '''
300
301 EXTRAS_FIGURES_MD = '''\
302 ---
303 layout: page
304 title: Figures
305 permalink: /figures/
306 ---
307 {% include all_figures.html %}
308 '''
309
310 EXTRAS_GUIDE_MD = '''\
311 ---
312 layout: page
313 title: "Instructors' Guide"
314 permalink: /guide/
315 ---
316 FIXME
317 '''
318
319 INCLUDES_ALL_FIGURES_HTML = '''\
320 <!-- empty -->
321 '''
322
323 BOILERPLATE = (
324     ('AUTHORS', ROOT_AUTHORS),
325     ('CITATION', ROOT_CITATION),
326     ('CONTRIBUTING.md', ROOT_CONTRIBUTING_MD),
327     ('_config.yml', ROOT_CONFIG_YML),
328     ('index.md', ROOT_INDEX_MD),
329     ('reference.md', ROOT_REFERENCE_MD),
330     ('setup.md', ROOT_SETUP_MD),
331     ('_episodes/01-introduction.md', EPISODES_INTRODUCTION_MD),
332     ('_extras/about.md', EXTRAS_ABOUT_MD),
333     ('_extras/discuss.md', EXTRAS_DISCUSS_MD),
334     ('_extras/figures.md', EXTRAS_FIGURES_MD),
335     ('_extras/guide.md', EXTRAS_GUIDE_MD),
336     ('_includes/all_figures.html', INCLUDES_ALL_FIGURES_HTML)
337 )
338
339
340 def main():
341     """Check for collisions, then create."""
342
343     # Check.
344     errors = False
345     for (path, _) in BOILERPLATE:
346         if os.path.exists(path):
347             print('Warning: {0} already exists.'.format(path), file=sys.stderr)
348             errors = True
349     if errors:
350         print('**Exiting without creating files.**', file=sys.stderr)
351         sys.exit(1)
352
353     # Create.
354     for (path, content) in BOILERPLATE:
355         with open(path, 'w') as writer:
356             writer.write(content)
357
358
359 if __name__ == '__main__':
360     main()