Add LC condition
[rnaseq-cwl-training.git] / bin / workshop_check.py
1 #!/usr/bin/env python3
2
3 '''Check that a workshop's index.html metadata is valid.  See the
4 docstrings on the checking functions for a summary of the checks.
5 '''
6
7
8 import sys
9 import os
10 import re
11 from datetime import date
12 from util import Reporter, split_metadata, load_yaml, check_unwanted_files
13
14 # Metadata field patterns.
15 EMAIL_PATTERN = r'[^@]+@[^@]+\.[^@]+'
16 HUMANTIME_PATTERN = r'((0?[1-9]|1[0-2]):[0-5]\d(am|pm)(-|to)(0?[1-9]|1[0-2]):[0-5]\d(am|pm))|((0?\d|1\d|2[0-3]):[0-5]\d(-|to)(0?\d|1\d|2[0-3]):[0-5]\d)'
17 EVENTBRITE_PATTERN = r'\d{9,10}'
18 URL_PATTERN = r'https?://.+'
19
20 # Defaults.
21 CARPENTRIES = ("dc", "swc", "lc", "cp")
22 DEFAULT_CONTACT_EMAIL = 'admin@software-carpentry.org'
23
24 USAGE = 'Usage: "workshop_check.py path/to/root/directory"'
25
26 # Country and language codes.  Note that codes mean different things: 'ar'
27 # is 'Arabic' as a language but 'Argentina' as a country.
28
29 ISO_COUNTRY = [
30     'ad', 'ae', 'af', 'ag', 'ai', 'al', 'am', 'an', 'ao', 'aq', 'ar', 'as',
31     'at', 'au', 'aw', 'ax', 'az', 'ba', 'bb', 'bd', 'be', 'bf', 'bg', 'bh',
32     'bi', 'bj', 'bm', 'bn', 'bo', 'br', 'bs', 'bt', 'bv', 'bw', 'by', 'bz',
33     'ca', 'cc', 'cd', 'cf', 'cg', 'ch', 'ci', 'ck', 'cl', 'cm', 'cn', 'co',
34     'cr', 'cu', 'cv', 'cx', 'cy', 'cz', 'de', 'dj', 'dk', 'dm', 'do', 'dz',
35     'ec', 'ee', 'eg', 'eh', 'er', 'es', 'et', 'eu', 'fi', 'fj', 'fk', 'fm',
36     'fo', 'fr', 'ga', 'gb', 'gd', 'ge', 'gf', 'gg', 'gh', 'gi', 'gl', 'gm',
37     'gn', 'gp', 'gq', 'gr', 'gs', 'gt', 'gu', 'gw', 'gy', 'hk', 'hm', 'hn',
38     'hr', 'ht', 'hu', 'id', 'ie', 'il', 'im', 'in', 'io', 'iq', 'ir', 'is',
39     'it', 'je', 'jm', 'jo', 'jp', 'ke', 'kg', 'kh', 'ki', 'km', 'kn', 'kp',
40     'kr', 'kw', 'ky', 'kz', 'la', 'lb', 'lc', 'li', 'lk', 'lr', 'ls', 'lt',
41     'lu', 'lv', 'ly', 'ma', 'mc', 'md', 'me', 'mg', 'mh', 'mk', 'ml', 'mm',
42     'mn', 'mo', 'mp', 'mq', 'mr', 'ms', 'mt', 'mu', 'mv', 'mw', 'mx', 'my',
43     'mz', 'na', 'nc', 'ne', 'nf', 'ng', 'ni', 'nl', 'no', 'np', 'nr', 'nu',
44     'nz', 'om', 'pa', 'pe', 'pf', 'pg', 'ph', 'pk', 'pl', 'pm', 'pn', 'pr',
45     'ps', 'pt', 'pw', 'py', 'qa', 're', 'ro', 'rs', 'ru', 'rw', 'sa', 'sb',
46     'sc', 'sd', 'se', 'sg', 'sh', 'si', 'sj', 'sk', 'sl', 'sm', 'sn', 'so',
47     'sr', 'st', 'sv', 'sy', 'sz', 'tc', 'td', 'tf', 'tg', 'th', 'tj', 'tk',
48     'tl', 'tm', 'tn', 'to', 'tr', 'tt', 'tv', 'tw', 'tz', 'ua', 'ug', 'um',
49     'us', 'uy', 'uz', 'va', 'vc', 've', 'vg', 'vi', 'vn', 'vu', 'wf', 'ws',
50     'ye', 'yt', 'za', 'zm', 'zw'
51 ]
52
53 ISO_LANGUAGE = [
54     'aa', 'ab', 'ae', 'af', 'ak', 'am', 'an', 'ar', 'as', 'av', 'ay', 'az',
55     'ba', 'be', 'bg', 'bh', 'bi', 'bm', 'bn', 'bo', 'br', 'bs', 'ca', 'ce',
56     'ch', 'co', 'cr', 'cs', 'cu', 'cv', 'cy', 'da', 'de', 'dv', 'dz', 'ee',
57     'el', 'en', 'eo', 'es', 'et', 'eu', 'fa', 'ff', 'fi', 'fj', 'fo', 'fr',
58     'fy', 'ga', 'gd', 'gl', 'gn', 'gu', 'gv', 'ha', 'he', 'hi', 'ho', 'hr',
59     'ht', 'hu', 'hy', 'hz', 'ia', 'id', 'ie', 'ig', 'ii', 'ik', 'io', 'is',
60     'it', 'iu', 'ja', 'jv', 'ka', 'kg', 'ki', 'kj', 'kk', 'kl', 'km', 'kn',
61     'ko', 'kr', 'ks', 'ku', 'kv', 'kw', 'ky', 'la', 'lb', 'lg', 'li', 'ln',
62     'lo', 'lt', 'lu', 'lv', 'mg', 'mh', 'mi', 'mk', 'ml', 'mn', 'mr', 'ms',
63     'mt', 'my', 'na', 'nb', 'nd', 'ne', 'ng', 'nl', 'nn', 'no', 'nr', 'nv',
64     'ny', 'oc', 'oj', 'om', 'or', 'os', 'pa', 'pi', 'pl', 'ps', 'pt', 'qu',
65     'rm', 'rn', 'ro', 'ru', 'rw', 'sa', 'sc', 'sd', 'se', 'sg', 'si', 'sk',
66     'sl', 'sm', 'sn', 'so', 'sq', 'sr', 'ss', 'st', 'su', 'sv', 'sw', 'ta',
67     'te', 'tg', 'th', 'ti', 'tk', 'tl', 'tn', 'to', 'tr', 'ts', 'tt', 'tw',
68     'ty', 'ug', 'uk', 'ur', 'uz', 've', 'vi', 'vo', 'wa', 'wo', 'xh', 'yi',
69     'yo', 'za', 'zh', 'zu'
70 ]
71
72
73 def look_for_fixme(func):
74     """Decorator to fail test if text argument starts with "FIXME"."""
75
76     def inner(arg):
77         if (arg is not None) and \
78            isinstance(arg, str) and \
79            arg.lstrip().startswith('FIXME'):
80             return False
81         return func(arg)
82     return inner
83
84
85 @look_for_fixme
86 def check_layout(layout):
87     '''"layout" in YAML header must be "workshop".'''
88
89     return layout == 'workshop'
90
91
92 @look_for_fixme
93 def check_carpentry(layout):
94     '''"carpentry" in YAML header must be "dc", "swc", "lc", or "cp".'''
95
96     return layout in CARPENTRIES
97
98
99 @look_for_fixme
100 def check_country(country):
101     '''"country" must be a lowercase ISO-3166 two-letter code.'''
102
103     return country in ISO_COUNTRY
104
105
106 @look_for_fixme
107 def check_language(language):
108     '''"language" must be a lowercase ISO-639 two-letter code.'''
109
110     return language in ISO_LANGUAGE
111
112
113 @look_for_fixme
114 def check_humandate(date):
115     """
116     'humandate' must be a human-readable date with a 3-letter month
117     and 4-digit year.  Examples include 'Feb 18-20, 2025' and 'Feb 18
118     and 20, 2025'.  It may be in languages other than English, but the
119     month name should be kept short to aid formatting of the main
120     Carpentries web site.
121     """
122
123     if ',' not in date:
124         return False
125
126     month_dates, year = date.split(',')
127
128     # The first three characters of month_dates are not empty
129     month = month_dates[:3]
130     if any(char == ' ' for char in month):
131         return False
132
133     # But the fourth character is empty ("February" is illegal)
134     if month_dates[3] != ' ':
135         return False
136
137     # year contains *only* numbers
138     try:
139         int(year)
140     except:
141         return False
142
143     return True
144
145
146 @look_for_fixme
147 def check_humantime(time):
148     """
149     'humantime' is a human-readable start and end time for the
150     workshop, such as '09:00 - 16:00'.
151     """
152
153     return bool(re.match(HUMANTIME_PATTERN, time.replace(' ', '')))
154
155
156 def check_date(this_date):
157     """
158     'startdate' and 'enddate' are machine-readable start and end dates
159     for the workshop, and must be in YYYY-MM-DD format, e.g.,
160     '2015-07-01'.
161     """
162
163     # YAML automatically loads valid dates as datetime.date.
164     return isinstance(this_date, date)
165
166
167 @look_for_fixme
168 def check_latitude_longitude(latlng):
169     """
170     'latlng' must be a valid latitude and longitude represented as two
171     floating-point numbers separated by a comma.
172     """
173
174     try:
175         lat, lng = latlng.split(',')
176         lat = float(lat)
177         lng = float(lng)
178         return (-90.0 <= lat <= 90.0) and (-180.0 <= lng <= 180.0)
179     except ValueError:
180         return False
181
182
183 def check_instructors(instructors):
184     """
185     'instructor' must be a non-empty comma-separated list of quoted
186     names, e.g. ['First name', 'Second name', ...'].  Do not use 'TBD'
187     or other placeholders.
188     """
189
190     # YAML automatically loads list-like strings as lists.
191     return isinstance(instructors, list) and len(instructors) > 0
192
193
194 def check_helpers(helpers):
195     """
196     'helper' must be a comma-separated list of quoted names,
197     e.g. ['First name', 'Second name', ...'].  The list may be empty.
198     Do not use 'TBD' or other placeholders.
199     """
200
201     # YAML automatically loads list-like strings as lists.
202     return isinstance(helpers, list) and len(helpers) >= 0
203
204
205 @look_for_fixme
206 def check_emails(emails):
207     """
208     'emails' must be a comma-separated list of valid email addresses.
209     The list may be empty. A valid email address consists of characters,
210     an '@', and more characters.  It should not contain the default contact
211     """
212
213     # YAML automatically loads list-like strings as lists.
214     if (isinstance(emails, list) and len(emails) >= 0):
215         for email in emails:
216             if ((not bool(re.match(EMAIL_PATTERN, email))) or (email == DEFAULT_CONTACT_EMAIL)):
217                 return False
218     else:
219         return False
220
221     return True
222
223
224 def check_eventbrite(eventbrite):
225     """
226     'eventbrite' (the Eventbrite registration key) must be 9 or more
227     digits.  It may appear as an integer or as a string.
228     """
229
230     if isinstance(eventbrite, int):
231         return True
232     else:
233         return bool(re.match(EVENTBRITE_PATTERN, eventbrite))
234
235
236 @look_for_fixme
237 def check_collaborative_notes(collaborative_notes):
238     """
239     'collaborative_notes' must be a valid URL.
240     """
241
242     return bool(re.match(URL_PATTERN, collaborative_notes))
243
244
245 @look_for_fixme
246 def check_pass(value):
247     """
248     This test always passes (it is used for 'checking' things like the
249     workshop address, for which no sensible validation is feasible).
250     """
251
252     return True
253
254
255 HANDLERS = {
256     'layout':     (True, check_layout, 'layout isn\'t "workshop"'),
257
258     'carpentry':  (True, check_carpentry, 'carpentry isn\'t in ' +
259                    ', '.join(CARPENTRIES)),
260
261     'country':    (True, check_country,
262                    'country invalid: must use lowercase two-letter ISO code ' +
263                    'from ' + ', '.join(ISO_COUNTRY)),
264
265     'language':   (False,  check_language,
266                    'language invalid: must use lowercase two-letter ISO code' +
267                    ' from ' + ', '.join(ISO_LANGUAGE)),
268
269     'humandate':  (True, check_humandate,
270                    'humandate invalid. Please use three-letter months like ' +
271                    '"Jan" and four-letter years like "2025"'),
272
273     'humantime':  (True, check_humantime,
274                    'humantime doesn\'t include numbers'),
275
276     'startdate':  (True, check_date,
277                    'startdate invalid. Must be of format year-month-day, ' +
278                    'i.e., 2014-01-31'),
279
280     'enddate':    (False, check_date,
281                    'enddate invalid. Must be of format year-month-day, i.e.,' +
282                    ' 2014-01-31'),
283
284     'latlng':     (True, check_latitude_longitude,
285                    'latlng invalid. Check that it is two floating point ' +
286                    'numbers, separated by a comma'),
287
288     'instructor': (True, check_instructors,
289                    'instructor list isn\'t a valid list of format ' +
290                    '["First instructor", "Second instructor",..]'),
291
292     'helper':     (True, check_helpers,
293                    'helper list isn\'t a valid list of format ' +
294                    '["First helper", "Second helper",..]'),
295
296     'email':    (True, check_emails,
297                  'contact email list isn\'t a valid list of format ' +
298                  '["me@example.org", "you@example.org",..] or contains incorrectly formatted email addresses or ' +
299                  '"{0}".'.format(DEFAULT_CONTACT_EMAIL)),
300
301     'eventbrite': (False, check_eventbrite, 'Eventbrite key appears invalid'),
302
303     'collaborative_notes':   (False, check_collaborative_notes, 'Collaborative Notes URL appears invalid'),
304
305     'venue':      (False, check_pass, 'venue name not specified'),
306
307     'address':    (False, check_pass, 'address not specified')
308 }
309
310 # REQUIRED is all required categories.
311 REQUIRED = {k for k in HANDLERS if HANDLERS[k][0]}
312
313 # OPTIONAL is all optional categories.
314 OPTIONAL = {k for k in HANDLERS if not HANDLERS[k][0]}
315
316
317 def check_blank_lines(reporter, raw):
318     """
319     Blank lines are not allowed in category headers.
320     """
321
322     lines = [(i, x) for (i, x) in enumerate(
323         raw.strip().split('\n')) if not x.strip()]
324     reporter.check(not lines,
325                    None,
326                    'Blank line(s) in header: {0}',
327                    ', '.join(["{0}: {1}".format(i, x.rstrip()) for (i, x) in lines]))
328
329
330 def check_categories(reporter, left, right, msg):
331     """
332     Report differences (if any) between two sets of categories.
333     """
334
335     diff = left - right
336     reporter.check(len(diff) == 0,
337                    None,
338                    '{0}: offending entries {1}',
339                    msg, sorted(list(diff)))
340
341
342 def check_file(reporter, path, data):
343     """
344     Get header from file, call all other functions, and check file for
345     validity.
346     """
347
348     # Get metadata as text and as YAML.
349     raw, header, body = split_metadata(path, data)
350
351     # Do we have any blank lines in the header?
352     check_blank_lines(reporter, raw)
353
354     # Look through all header entries.  If the category is in the input
355     # file and is either required or we have actual data (as opposed to
356     # a commented-out entry), we check it.  If it *isn't* in the header
357     # but is required, report an error.
358     for category in HANDLERS:
359         required, handler, message = HANDLERS[category]
360         if category in header:
361             if required or header[category]:
362                 reporter.check(handler(header[category]),
363                                None,
364                                '{0}\n    actual value "{1}"',
365                                message, header[category])
366         elif required:
367             reporter.add(None,
368                          'Missing mandatory key "{0}"',
369                          category)
370
371     # Check whether we have missing or too many categories
372     seen_categories = set(header.keys())
373     check_categories(reporter, REQUIRED, seen_categories,
374                      'Missing categories')
375     check_categories(reporter, seen_categories, REQUIRED.union(OPTIONAL),
376                      'Superfluous categories')
377
378
379 def check_config(reporter, filename):
380     """
381     Check YAML configuration file.
382     """
383
384     config = load_yaml(filename)
385
386     kind = config.get('kind', None)
387     reporter.check(kind == 'workshop',
388                    filename,
389                    'Missing or unknown kind of event: {0}',
390                    kind)
391
392     carpentry = config.get('carpentry', None)
393     reporter.check(carpentry in ('swc', 'dc', 'lc', 'cp'),
394                    filename,
395                    'Missing or unknown carpentry: {0}',
396                    carpentry)
397
398
399 def main():
400     '''Run as the main program.'''
401
402     if len(sys.argv) != 2:
403         print(USAGE, file=sys.stderr)
404         sys.exit(1)
405
406     root_dir = sys.argv[1]
407     index_file = os.path.join(root_dir, 'index.html')
408     config_file = os.path.join(root_dir, '_config.yml')
409
410     reporter = Reporter()
411     check_config(reporter, config_file)
412     check_unwanted_files(root_dir, reporter)
413     with open(index_file) as reader:
414         data = reader.read()
415         check_file(reporter, index_file, data)
416     reporter.report()
417
418
419 if __name__ == '__main__':
420     main()