add tools to deal with episodes written in Rmd
[rnaseq-cwl-training.git] / bin / generate_md_episodes.R
1 if (require("knitr")) {
2     if (packageVersion("knitr") < '1.9.19') {
3         stop("knitr must be version 1.9.20 or higher")
4     }
5 } else stop("knitr 1.9.20 or above is needed to build the lessons.")
6
7 if (!require("stringr"))
8     stop("The package stringr is required for generating the lessons.")
9
10 src_rmd <- list.files(pattern = "??-*.Rmd$", path = "_episodes_rmd", full.names = TRUE)
11 dest_md <- file.path("_episodes", gsub("Rmd$", "md", basename(src_rmd)))
12
13 for (i in seq_along(src_rmd)) {
14     knitr::knit(src_rmd[i], output = dest_md[i])
15 }