Merge pull request #234 from mr-c/py34
[rnaseq-cwl-training.git] / bin / lesson_initialize.py
1 #!/usr/bin/env python
2
3 """Initialize a newly-created repository."""
4
5
6 import sys
7 import os
8
9 ROOT_AUTHORS = '''\
10 FIXME: list authors' names and email addresses.
11 '''
12
13 ROOT_CITATION = '''\
14 FIXME: describe how to cite this lesson.
15 '''
16
17 ROOT_CONTRIBUTING_MD = '''\
18 # Contributing
19
20 [Software Carpentry][swc-site] and [Data Carpentry][dc-site] are open source projects,
21 and we welcome contributions of all kinds:
22 new lessons,
23 fixes to existing material,
24 bug reports,
25 and reviews of proposed changes are all welcome.
26
27 ## Contributor Agreement
28
29 By contributing,
30 you agree that we may redistribute your work under [our license](LICENSE.md).
31 In exchange,
32 we will address your issues and/or assess your change proposal as promptly as we can,
33 and help you become a member of our community.
34 Everyone involved in [Software Carpentry][swc-site] and [Data Carpentry][dc-site]
35 agrees to abide by our [code of conduct](CONDUCT.md).
36
37 ## How to Contribute
38
39 The easiest way to get started is to file an issue
40 to tell us about a spelling mistake,
41 some awkward wording,
42 or a factual error.
43 This is a good way to introduce yourself
44 and to meet some of our community members.
45
46 1.  If you do not have a [GitHub][github] account,
47     you can [send us comments by email][email].
48     However,
49     we will be able to respond more quickly if you use one of the other methods described below.
50
51 2.  If you have a [GitHub][github] account,
52     or are willing to [create one][github-join],
53     but do not know how to use Git,
54     you can report problems or suggest improvements by [creating an issue][issues].
55     This allows us to assign the item to someone
56     and to respond to it in a threaded discussion.
57
58 3.  If you are comfortable with Git,
59     and would like to add or change material,
60     you can submit a pull request (PR).
61     Instructions for doing this are [included below](#using-github).
62
63 ## Where to Contribute
64
65 1.  If you wish to change this lesson,
66     please work in <https://github.com/swcarpentry/FIXME>,
67     which can be viewed at <https://swcarpentry.github.io/FIXME>.
68
69 2.  If you wish to change the example lesson,
70     please work in <https://github.com/swcarpentry/lesson-example>,
71     which documents the format of our lessons
72     and can be viewed at <https://swcarpentry.github.io/lesson-example>.
73
74 3.  If you wish to change the template used for workshop websites,
75     please work in <https://github.com/swcarpentry/workshop-template>.
76     The home page of that repository explains how to set up workshop websites,
77     while the extra pages in <https://swcarpentry.github.io/workshop-template>
78     provide more background on our design choices.
79
80 4.  If you wish to change CSS style files, tools,
81     or HTML boilerplate for lessons or workshops stored in `_includes` or `_layouts`,
82     please work in <https://github.com/swcarpentry/styles>.
83
84 ## What to Contribute
85
86 There are many ways to contribute,
87 from writing new exercises and improving existing ones
88 to updating or filling in the documentation
89 and submitting [bug reports][issues]
90 about things that don't work, aren't clear, or are missing.
91 If you are looking for ideas, please see the 'Issues' tab for
92 a list of issues associated with this repository,
93 or you may also look at the issues for [Data Carpentry][dc-issues]
94 and [Software Carpentry][swc-issues] projects.
95
96 Comments on issues and reviews of pull requests are just as welcome:
97 we are smarter together than we are on our own.
98 Reviews from novices and newcomers are particularly valuable:
99 it's easy for people who have been using these lessons for a while
100 to forget how impenetrable some of this material can be,
101 so fresh eyes are always welcome.
102
103 ## What *Not* to Contribute
104
105 Our lessons already contain more material than we can cover in a typical workshop,
106 so we are usually *not* looking for more concepts or tools to add to them.
107 As a rule,
108 if you want to introduce a new idea,
109 you must (a) estimate how long it will take to teach
110 and (b) explain what you would take out to make room for it.
111 The first encourages contributors to be honest about requirements;
112 the second, to think hard about priorities.
113
114 We are also not looking for exercises or other material that only run on one platform.
115 Our workshops typically contain a mixture of Windows, Mac OS X, and Linux users;
116 in order to be usable,
117 our lessons must run equally well on all three.
118
119 ## Using GitHub
120
121 If you choose to contribute via GitHub, you may want to look at
122 [How to Contribute to an Open Source Project on GitHub][how-contribute].
123 To manage changes, we follow [GitHub flow][github-flow].
124 Each lesson has two maintainers who review issues and pull requests or encourage others to do so.
125 The maintainers are community volunteers and have final say over what gets merged into the lesson.
126 To use the web interface for contributing to a lesson:
127
128 1.  Fork the originating repository to your GitHub profile.
129 2.  Within your version of the forked repository, move to the `gh-pages` branch and
130 create a new branch for each significant change being made.
131 3.  Navigate to the file(s) you wish to change within the new branches and make revisions as required.
132 4.  Commit all changed files within the appropriate branches.
133 5.  Create individual pull requests from each of your changed branches
134 to the `gh-pages` branch within the originating repository.
135 6.  If you receive feedback, make changes using your issue-specific branches of the forked
136 repository and the pull requests will update automatically.
137 7.  Repeat as needed until all feedback has been addressed.
138
139 When starting work, please make sure your clone of the originating `gh-pages` branch is up-to-date
140 before creating your own revision-specific branch(es) from there.
141 Additionally, please only work from your newly-created branch(es) and *not*
142 your clone of the originating `gh-pages` branch.
143 Lastly, published copies of all the lessons are available in the `gh-pages` branch of the originating
144 repository for reference while revising.
145
146 ## Other Resources
147
148 General discussion of [Software Carpentry][swc-site] and [Data Carpentry][dc-site]
149 happens on the [discussion mailing list][discuss-list],
150 which everyone is welcome to join.
151 You can also [reach us by email][email].
152
153 [email]: mailto:admin@software-carpentry.org
154 [dc-issues]: https://github.com/issues?q=user%3Adatacarpentry
155 [dc-lessons]: http://datacarpentry.org/lessons/
156 [dc-site]: http://datacarpentry.org/
157 [discuss-list]: http://lists.software-carpentry.org/listinfo/discuss
158 [github]: https://github.com
159 [github-flow]: https://guides.github.com/introduction/flow/
160 [github-join]: https://github.com/join
161 [how-contribute]: https://egghead.io/series/how-to-contribute-to-an-open-source-project-on-github
162 [issues]: https://guides.github.com/features/issues/
163 [swc-issues]: https://github.com/issues?q=user%3Aswcarpentry
164 [swc-lessons]: https://software-carpentry.org/lessons/
165 [swc-site]: https://software-carpentry.org/
166 '''
167
168 ROOT_CONFIG_YML = '''\
169 #------------------------------------------------------------
170 # Values for this lesson.
171 #------------------------------------------------------------
172
173 # Which carpentry is this ("swc", "dc", or "lc")?
174 carpentry: "swc"
175
176 # Overall title for pages.
177 title: "Lesson Title"
178
179 # Contact.  This *must* include the protocol: if it's an email
180 # address, it must look like "mailto:lessons@software-carpentry.org",
181 # or if it's a URL, "https://gitter.im/username/ProjectName".
182 email: "mailto:lessons@software-carpentry.org"
183
184 #------------------------------------------------------------
185 # Generic settings (should not need to change).
186 #------------------------------------------------------------
187
188 # What kind of thing is this ("workshop" or "lesson")?
189 kind: "lesson"
190
191 # Magic to make URLs resolve both locally and on GitHub.
192 # See https://help.github.com/articles/repository-metadata-on-github-pages/.
193 repository: <USERNAME>/<PROJECT>
194
195 # Sites.
196 amy_site: "https://amy.software-carpentry.org/workshops"
197 dc_site: "http://datacarpentry.org"
198 swc_github: "https://github.com/swcarpentry"
199 swc_site: "https://software-carpentry.org"
200 swc_pages: "https://swcarpentry.github.io"
201 lc_site: "https://librarycarpentry.github.io/"
202 template_repo: "https://github.com/swcarpentry/styles"
203 example_repo: "https://github.com/swcarpentry/lesson-example"
204 example_site: "https://swcarpentry.github.com/lesson-example"
205 workshop_repo: "https://github.com/swcarpentry/workshop-template"
206 workshop_site: "https://swcarpentry.github.io/workshop-template"
207 training_site: "https://swcarpentry.github.io/instructor-training"
208
209 # Surveys.
210 pre_survey: "https://www.surveymonkey.com/r/swc_pre_workshop_v1?workshop_id="
211 post_survey: "https://www.surveymonkey.com/r/swc_post_workshop_v1?workshop_id="
212 training_post_survey: "https://www.surveymonkey.com/r/post-instructor-training"
213
214 # Start time in minutes (0 to be clock-independent, 540 to show a start at 09:00 am).
215 start_time: 0
216
217 # Specify that things in the episodes collection should be output.
218 collections:
219   episodes:
220     output: true
221     permalink: /:path/index.html
222   extras:
223     output: true
224     permalink: /:path/index.html
225
226 # Set the default layout for things in the episodes collection.
227 defaults:
228   - values:
229       root: ..
230   - scope:
231       path: ""
232       type: episodes
233     values:
234       layout: episode
235
236 # Files and directories that are not to be copied.
237 exclude:
238   - Makefile
239   - bin
240
241 # Turn on built-in syntax highlighting.
242 highlighter: rouge
243 '''
244
245 ROOT_INDEX_MD = '''\
246 ---
247 layout: lesson
248 root: .
249 permalink: index.html  # Is the only page that don't follow the partner /:path/index.html
250 ---
251 FIXME: home page introduction
252
253 > ## Prerequisites
254 >
255 > FIXME
256 {: .prereq}
257 '''
258
259 ROOT_REFERENCE_MD = '''\
260 ---
261 layout: reference
262 root: .
263 ---
264
265 ## Glossary
266
267 FIXME
268 '''
269
270 ROOT_SETUP_MD = '''\
271 ---
272 layout: page
273 title: Setup
274 root: .
275 ---
276 FIXME
277 '''
278
279 ROOT_AIO_MD = '''\
280 ---
281 layout: page
282 root: .
283 ---
284 <script>
285   window.onload = function() {
286     var lesson_episodes = [
287     {% for episode in site.episodes %}
288     "{{ episode.url}}"{% unless forloop.last %},{% endunless %}
289     {% endfor %}
290     ];
291     var xmlHttp = [];  /* Required since we are going to query every episode. */
292     for (i=0; i < lesson_episodes.length; i++) {
293       xmlHttp[i] = new XMLHttpRequest();
294       xmlHttp[i].episode = lesson_episodes[i];  /* To enable use this later. */
295       xmlHttp[i].onreadystatechange = function() {
296       if (this.readyState == 4 && this.status == 200) {
297         var article_here = document.getElementById(this.episode);
298         var parser = new DOMParser();
299         var htmlDoc = parser.parseFromString(this.responseText,"text/html");
300         var htmlDocArticle = htmlDoc.getElementsByTagName("article")[0];
301         article_here.innerHTML = htmlDocArticle.innerHTML;
302         }
303       }
304       episode_url = "{{ page.root }}" + lesson_episodes[i];
305       xmlHttp[i].open("GET", episode_url);
306       xmlHttp[i].send(null);
307     }
308   }
309 </script>
310 {% comment %}
311 Create anchor for each one of the episodes.
312 {% endcomment %}
313 {% for episode in site.episodes %}
314 <article id="{{ episode.url }}"></article>
315 {% endfor %}
316 '''
317
318 EPISODES_INTRODUCTION_MD = '''\
319 ---
320 title: "Introduction"
321 teaching: 0
322 exercises: 0
323 questions:
324 - "Key question"
325 objectives:
326 - "First objective."
327 keypoints:
328 - "First key point."
329 ---
330 '''
331
332 EXTRAS_ABOUT_MD = '''\
333 ---
334 layout: page
335 title: About
336 ---
337 {% include carpentries.html %}
338 '''
339
340 EXTRAS_DISCUSS_MD = '''\
341 ---
342 layout: page
343 title: Discussion
344 ---
345 FIXME
346 '''
347
348 EXTRAS_FIGURES_MD = '''\
349 ---
350 layout: page
351 title: Figures
352 ---
353 <script>
354   window.onload = function() {
355     var lesson_episodes = [
356     {% for episode in site.episodes %}
357     "{{ episode.url}}"{% unless forloop.last %},{% endunless %}
358     {% endfor %}
359     ];
360     var xmlHttp = [];  /* Required since we are going to query every episode. */
361     for (i=0; i < lesson_episodes.length; i++) {
362       xmlHttp[i] = new XMLHttpRequest();
363       xmlHttp[i].episode = lesson_episodes[i];  /* To enable use this later. */
364       xmlHttp[i].onreadystatechange = function() {
365         if (this.readyState == 4 && this.status == 200) {
366           var article_here = document.getElementById(this.episode);
367           var parser = new DOMParser();
368           var htmlDoc = parser.parseFromString(this.responseText,"text/html");
369           var htmlDocArticle = htmlDoc.getElementsByTagName("article")[0];
370           article_here.appendChild(htmlDocArticle.getElementsByTagName("h1")[0]);
371           for (let image of htmlDocArticle.getElementsByTagName("img")) {
372             article_here.appendChild(image);
373           }
374         }
375       }
376       episode_url = "{{ page.root }}" + lesson_episodes[i];
377       xmlHttp[i].open("GET", episode_url);
378       xmlHttp[i].send(null);
379     }
380   }
381 </script>
382 {% comment %}
383 Create anchor for each one of the episodes.
384 {% endcomment %}
385 {% for episode in site.episodes %}
386 <article id="{{ episode.url }}"></article>
387 {% endfor %}
388 '''
389
390 EXTRAS_GUIDE_MD = '''\
391 ---
392 layout: page
393 title: "Instructor Notes"
394 ---
395 FIXME
396 '''
397
398 BOILERPLATE = (
399     ('AUTHORS', ROOT_AUTHORS),
400     ('CITATION', ROOT_CITATION),
401     ('CONTRIBUTING.md', ROOT_CONTRIBUTING_MD),
402     ('_config.yml', ROOT_CONFIG_YML),
403     ('index.md', ROOT_INDEX_MD),
404     ('reference.md', ROOT_REFERENCE_MD),
405     ('setup.md', ROOT_SETUP_MD),
406     ('aio.md', ROOT_AIO_MD),
407     ('_episodes/01-introduction.md', EPISODES_INTRODUCTION_MD),
408     ('_extras/about.md', EXTRAS_ABOUT_MD),
409     ('_extras/discuss.md', EXTRAS_DISCUSS_MD),
410     ('_extras/figures.md', EXTRAS_FIGURES_MD),
411     ('_extras/guide.md', EXTRAS_GUIDE_MD),
412 )
413
414
415 def main():
416     """Check for collisions, then create."""
417
418     # Check.
419     errors = False
420     for (path, _) in BOILERPLATE:
421         if os.path.exists(path):
422             print('Warning: {0} already exists.'.format(path), file=sys.stderr)
423             errors = True
424     if errors:
425         print('**Exiting without creating files.**', file=sys.stderr)
426         sys.exit(1)
427
428     # Create.
429     for (path, content) in BOILERPLATE:
430         with open(path, 'w') as writer:
431             writer.write(content)
432
433
434 if __name__ == '__main__':
435     main()