Fix readme
authorJiayong Li <jli@curii.com>
Fri, 9 Dec 2022 21:08:35 +0000 (21:08 +0000)
committerJiayong Li <jli@curii.com>
Fri, 9 Dec 2022 21:08:35 +0000 (21:08 +0000)
refs #19785

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Jiayong Li <jli@curii.com>

cwl/lightning/readme.md

index 03418646a996e3201e6b2cf56ad1e422fc2020ba..143f3b593c239083ee5e98acdc3f9cbc86070ef6 100644 (file)
@@ -12,6 +12,9 @@ Notable parameters for input yml
 ---
 
 fastadirs: an array of fasta directories, in our implementation, each directory consists of around 100 fasta pairs
+
 batchsize: an integer determining the batch size when running lighting-import step, e.g., for batchsize 12, we run lightning-import for 12 fasta directories together as a batch, the resulting libraries then get merged by lightning-slice
+
 matchgenome: a string pattern used for obtaining a subset of the cohort, e.g, matchgenome "ADNI|WCAP" runs tiling for all samples with "ADNI" or "WCAP" in their name, matchgenome "" runs for the entire cohort
+
 trainingsetsize: a float between 0 and 1 to determine the training set size