cwl/imputation/match-ref-map-chr.cwl

   1 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 cwlVersion: v1.1
   6 class: ExpressionTool
   7 requirements:
   8   InlineJavascriptRequirement: {}
   9 hints:
  10   LoadListingRequirement:
  11     loadListing: shallow_listing
  12 inputs:
  13   chrs: string[]
  14   refsdir: Directory
  15   mapsdir: Directory
  16 outputs:
  17   refs:
  18     type: File[]
  19   maps:
  20     type: File[]
  21 expression: |
  22   ${
  23     var refs = [];
  24     var maps = [];
  25
  26     for (var i = 0; i < inputs.chrs.length; i++) {
  27       for (var j = 0; j < inputs.refsdir.listing.length; j++) {
  28         var file = inputs.refsdir.listing[j];
  29         if (file.nameext == ".bref3" && file.basename.indexOf(inputs.chrs[i]+".") != -1) {
  30           refs.push(file);
  31         }
  32       }
  33       for (var j = 0; j < inputs.mapsdir.listing.length; j++) {
  34         var file = inputs.mapsdir.listing[j];
  35         if (file.nameext == ".map" && file.basename.indexOf(inputs.chrs[i]+".") != -1) {
  36           maps.push(file);
  37         }
  38       }
  39     }
  40
  41     return {"refs": refs, "maps": maps};
  42   }