plot.go

   1 // Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 //
   3 // SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 package lightning
   6
   7 import (
   8         _ "embed"
   9         "flag"
  10         "fmt"
  11         "io"
  12         _ "net/http/pprof"
  13         "os/exec"
  14         "strings"
  15
  16         "git.arvados.org/arvados.git/sdk/go/arvados"
  17 )
  18
  19 type pythonPlot struct{}
  20
  21 //go:embed plot.py
  22 var plotscript string
  23
  24 func (cmd *pythonPlot) RunCommand(prog string, args []string, stdin io.Reader, stdout, stderr io.Writer) int {
  25         var err error
  26         defer func() {
  27                 if err != nil {
  28                         fmt.Fprintf(stderr, "%s\n", err)
  29                 }
  30         }()
  31         flags := flag.NewFlagSet("", flag.ContinueOnError)
  32         flags.SetOutput(stderr)
  33         projectUUID := flags.String("project", "", "project `UUID` for output data")
  34         inputFilename := flags.String("i", "-", "input `file`")
  35         outputFilename := flags.String("o", "", "output `filename` (e.g., './plot.png')")
  36         sampleListFilename := flags.String("samples", "", "use second column of `samples.csv` as complete list of sample IDs")
  37         phenotypeFilename := flags.String("phenotype", "", "use `phenotype.csv` as id->phenotype mapping (column 0 is sample id)")
  38         phenotypeCategoryColumn := flags.Int("phenotype-category-column", -1, "0-based column `index` of 2nd category in phenotype.csv file")
  39         phenotypeColumn := flags.Int("phenotype-column", 1, "0-based column `index` of phenotype in phenotype.csv file")
  40         priority := flags.Int("priority", 500, "container request priority")
  41         runlocal := flags.Bool("local", false, "run on local host (default: run in an arvados container)")
  42         err = flags.Parse(args)
  43         if err == flag.ErrHelp {
  44                 err = nil
  45                 return 0
  46         } else if err != nil {
  47                 return 2
  48         }
  49
  50         runner := arvadosContainerRunner{
  51                 Name:        "lightning plot",
  52                 Client:      arvados.NewClientFromEnv(),
  53                 ProjectUUID: *projectUUID,
  54                 RAM:         4 << 30,
  55                 VCPUs:       1,
  56                 Priority:    *priority,
  57                 Mounts: map[string]map[string]interface{}{
  58                         "/plot.py": map[string]interface{}{
  59                                 "kind":    "text",
  60                                 "content": plotscript,
  61                         },
  62                 },
  63         }
  64         if !*runlocal {
  65                 err = runner.TranslatePaths(inputFilename, sampleListFilename, phenotypeFilename)
  66                 if err != nil {
  67                         return 1
  68                 }
  69                 *outputFilename = "/mnt/output/plot.png"
  70         }
  71         args = []string{*inputFilename, *sampleListFilename, *phenotypeFilename, fmt.Sprintf("%d", *phenotypeCategoryColumn), fmt.Sprintf("%d", *phenotypeColumn), *outputFilename}
  72         if *runlocal {
  73                 if *outputFilename == "" {
  74                         fmt.Fprintln(stderr, "error: must specify -o filename.png in local mode (or try -help)")
  75                         return 1
  76                 }
  77                 cmd := exec.Command("python3", append([]string{"-"}, args...)...)
  78                 cmd.Stdin = strings.NewReader(plotscript)
  79                 cmd.Stdout = stdout
  80                 cmd.Stderr = stderr
  81                 err = cmd.Run()
  82                 if err != nil {
  83                         return 1
  84                 }
  85                 return 0
  86         }
  87         runner.Prog = "python3"
  88         runner.Args = append([]string{"/plot.py"}, args...)
  89         var output string
  90         output, err = runner.Run()
  91         if err != nil {
  92                 return 1
  93         }
  94         fmt.Fprintln(stdout, output+"/plot.png")
  95         return 0
  96 }