gob.go

   1 package main
   2
   3 import (
   4         "bufio"
   5         "encoding/gob"
   6         "io"
   7         _ "net/http/pprof"
   8
   9         "golang.org/x/crypto/blake2b"
  10 )
  11
  12 type CompactGenome struct {
  13         Name     string
  14         Variants []tileVariantID
  15 }
  16
  17 type TileVariant struct {
  18         Tag      tagID
  19         Variant  tileVariantID
  20         Blake2b  [blake2b.Size256]byte
  21         Sequence []byte
  22 }
  23
  24 type LibraryEntry struct {
  25         TagSet         [][]byte
  26         CompactGenomes []CompactGenome
  27         TileVariants   []TileVariant
  28 }
  29
  30 func ReadCompactGenomes(rdr io.Reader) ([]CompactGenome, error) {
  31         var ret []CompactGenome
  32         err := DecodeLibrary(rdr, func(ent *LibraryEntry) error {
  33                 ret = append(ret, ent.CompactGenomes...)
  34                 return nil
  35         })
  36         return ret, err
  37 }
  38
  39 func DecodeLibrary(rdr io.Reader, cb func(*LibraryEntry) error) error {
  40         dec := gob.NewDecoder(bufio.NewReaderSize(rdr, 1<<26))
  41         var err error
  42         for err == nil {
  43                 var ent LibraryEntry
  44                 err = dec.Decode(&ent)
  45                 if err == nil {
  46                         err = cb(&ent)
  47                 }
  48         }
  49         if err == io.EOF {
  50                 return nil
  51         } else {
  52                 return err
  53         }
  54 }