cwl/imputation/bedtools-intersect.cwl

   1 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 cwlVersion: v1.1
   6 class: CommandLineTool
   7 hints:
   8   DockerRequirement:
   9     dockerPull: vcfutil
  10   ResourceRequirement:
  11     ramMin: 5000
  12 inputs:
  13   sample: string
  14   a: File
  15   b: File
  16 outputs:
  17   intersectbed: stdout
  18 baseCommand: [bedtools, intersect]
  19 arguments:
  20   - prefix: "-a"
  21     valueFrom: $(inputs.a)
  22   - prefix: "-b"
  23     valueFrom: $(inputs.b)
  24 stdout: $(inputs.sample)_intersect.bed