cmd.go

   1 package main
   2
   3 import (
   4         "fmt"
   5         "io"
   6         "io/ioutil"
   7         "os"
   8         "os/exec"
   9
  10         "git.arvados.org/arvados.git/lib/cmd"
  11 )
  12
  13 var (
  14         handler = cmd.Multi(map[string]cmd.Handler{
  15                 "version":   cmd.Version,
  16                 "-version":  cmd.Version,
  17                 "--version": cmd.Version,
  18
  19                 "gvcf2numpy":         &gvcf2numpy{},
  20                 "build-docker-image": &buildDockerImage{},
  21         })
  22 )
  23
  24 func main() {
  25         os.Exit(handler.RunCommand(os.Args[0], os.Args[1:], os.Stdin, os.Stdout, os.Stderr))
  26 }
  27
  28 type buildDockerImage struct{}
  29
  30 func (cmd *buildDockerImage) RunCommand(prog string, args []string, stdin io.Reader, stdout, stderr io.Writer) int {
  31         tmpdir, err := ioutil.TempDir("", "")
  32         if err != nil {
  33                 fmt.Fprint(stderr, err)
  34                 return 1
  35         }
  36         defer os.RemoveAll(tmpdir)
  37         err = ioutil.WriteFile(tmpdir+"/Dockerfile", []byte(`FROM debian:10
  38 RUN apt-get update
  39 RUN DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get install -y --no-install-recommends bcftools samtools
  40 `), 0644)
  41         if err != nil {
  42                 fmt.Fprint(stderr, err)
  43                 return 1
  44         }
  45         docker := exec.Command("docker", "build", "--tag=lightning-runtime", tmpdir)
  46         docker.Stdout = os.Stdout
  47         docker.Stderr = os.Stderr
  48         err = docker.Run()
  49         if err != nil {
  50                 return 1
  51         }
  52         return 0
  53 }