cwl/gvcf2fasta/src/bcftools-consensus.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 set -eo pipefail
   7
   8 sampleid="$1"
   9 vcf="$2"
  10 ref="$3"
  11 mask="$4"
  12
  13 haplotypes=(1 2)
  14
  15 for haplotype in ${haplotypes[@]}; do
  16   bcftools consensus --fasta-ref $ref --haplotype $haplotype --mask $mask $vcf | bgzip -c > "$sampleid"."$haplotype".fa.gz
  17 done