cwl/gvcf2fasta/getfiles.cwl

   1 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 cwlVersion: v1.1
   6 class: ExpressionTool
   7 label: Create list of VCFs and sample names
   8 hints:
   9   LoadListingRequirement:
  10     loadListing: shallow_listing
  11 inputs:
  12   dir:
  13     type: Directory
  14     label: Input directory of VCFs
  15 outputs:
  16   vcfs:
  17     type: File[]
  18     label: Output VCFs
  19   samples:
  20     type: string[]
  21     label: Sample names of VCFs
  22 requirements:
  23   InlineJavascriptRequirement: {}
  24 expression: |
  25   ${
  26     var vcfs = [];
  27     var samples = [];
  28     for (var i = 0; i < inputs.dir.listing.length; i++) {
  29       var file = inputs.dir.listing[i];
  30       if (file.nameext == ".gz") {
  31         vcfs.push(file);
  32         var sample = file.basename.split(".").slice(0, -2).join(".");
  33         samples.push(sample);
  34       }
  35     }
  36     return {"vcfs": vcfs, "samples": samples};
  37   }