cwl/gvcf2fasta/fixvcf-get_bed_varonlyvcf.cwl

   1 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 cwlVersion: v1.1
   6 class: CommandLineTool
   7 label: Fix gVCF and get no call BED and variant only VCF from gVCF
   8 hints:
   9   DockerRequirement:
  10     dockerPull: vcfutil
  11   ResourceRequirement:
  12     ramMin: 15000
  13 inputs:
  14   bashscript:
  15     type: File
  16     label: Bash script
  17     default:
  18       class: File
  19       location: src/fixvcf-get_bed_varonlyvcf.sh
  20   sampleid:
  21     type: string
  22     label: Sample ID
  23   vcf:
  24     type: File
  25     label: Input gVCF
  26   gqcutoff:
  27     type: int
  28     label: GQ (Genotype Quality) cutoff for filtering
  29   genomebed:
  30     type: File
  31     label: Whole genome BED
  32 outputs:
  33   nocallbed:
  34     type: File
  35     label: No call BED of gVCF
  36     outputBinding:
  37       glob: "*_nocall.bed"
  38   varonlyvcf:
  39     type: File
  40     label: Variant only VCF
  41     outputBinding:
  42       glob: "*_varonly.vcf.gz"
  43     secondaryFiles: [.tbi]
  44 arguments:
  45   - $(inputs.bashscript)
  46   - $(inputs.sampleid)
  47   - $(inputs.vcf)
  48   - $(inputs.gqcutoff)
  49   - $(inputs.genomebed)