taglib.go

   1 package main
   2
   3 import (
   4         "bufio"
   5         "bytes"
   6         "fmt"
   7         "io"
   8 )
   9
  10 const tagmapKeySize = 24
  11
  12 type tagmapKey [tagmapKeySize]byte
  13
  14 type tagID int32
  15
  16 type tagInfo struct {
  17         id     tagID // 0-based position in input tagset
  18         tagseq []byte
  19 }
  20
  21 type tagLibrary struct {
  22         tagmap map[tagmapKey]tagInfo
  23         keylen int
  24 }
  25
  26 func (taglib *tagLibrary) Load(rdr io.Reader) error {
  27         var seqs [][]byte
  28         scanner := bufio.NewScanner(rdr)
  29         for scanner.Scan() {
  30                 data := scanner.Bytes()
  31                 if len(data) > 0 && data[0] == '>' {
  32                 } else {
  33                         seqs = append(seqs, append([]byte(nil), data...))
  34                 }
  35         }
  36         if err := scanner.Err(); err != nil {
  37                 return err
  38         }
  39         return taglib.setTags(seqs)
  40 }
  41
  42 type tagMatch struct {
  43         id  tagID
  44         pos int
  45 }
  46
  47 func (taglib *tagLibrary) FindAll(buf []byte, fn func(id tagID, pos int)) {
  48         var key tagmapKey
  49         for i := 0; i <= len(buf)-taglib.keylen; i++ {
  50                 copy(key[:taglib.keylen], buf[i:])
  51                 if taginfo, ok := taglib.tagmap[key]; !ok {
  52                         continue
  53                 } else if len(taginfo.tagseq) > taglib.keylen && (len(buf) < i+len(taginfo.tagseq) || !bytes.Equal(taginfo.tagseq, buf[i:i+len(taginfo.tagseq)])) {
  54                         // key portion matches, but not the entire tag
  55                         continue
  56                 } else {
  57                         fn(taginfo.id, i)
  58                 }
  59         }
  60 }
  61
  62 func (taglib *tagLibrary) Len() int {
  63         return len(taglib.tagmap)
  64 }
  65
  66 func (taglib *tagLibrary) setTags(tags [][]byte) error {
  67         taglib.keylen = tagmapKeySize
  68         for _, t := range tags {
  69                 if l := len(t); taglib.keylen > l {
  70                         taglib.keylen = l
  71                 }
  72         }
  73         taglib.tagmap = map[tagmapKey]tagInfo{}
  74         for i, t := range tags {
  75                 t = bytes.ToLower(t)
  76                 var key tagmapKey
  77                 copy(key[:], t[:taglib.keylen])
  78                 if _, ok := taglib.tagmap[key]; ok {
  79                         return fmt.Errorf("first %d bytes of tag %d (%s) are not unique", taglib.keylen, i, key)
  80                 }
  81                 taglib.tagmap[key] = tagInfo{tagID(i), t}
  82         }
  83         return nil
  84 }