cwl/preprocess/cgivar/getfiles.cwl

   1 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 cwlVersion: v1.0
   6 class: ExpressionTool
   7 label: Create list of CGIVARs to process
   8 inputs:
   9   dir:
  10     type: Directory
  11     label: Input directory of CGIVARs
  12 outputs:
  13   cgivars:
  14     type: File[]
  15     label: Output CGIVARs
  16   samples:
  17     type: string[]
  18     label: Sample names of CGIVARs
  19 requirements:
  20   InlineJavascriptRequirement: {}
  21 expression: |
  22   ${
  23     var cgivars = [];
  24     var samples = [];
  25     for (var i = 0; i < inputs.dir.listing.length; i++) {
  26       var file = inputs.dir.listing[i];
  27       if (file.nameext == ".bz2") {
  28         cgivars.push(file);
  29         var sample = file.basename.split(".")[0];
  30         samples.push(sample);
  31       }
  32     }
  33     return {"cgivars": cgivars, "samples": samples};
  34   }