cwl/preprocess/cgivar/fix_vcf.py

   1 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 #!/usr/bin/env python
   6
   7 import sys
   8
   9 def is_header(line):
  10     """Check if a line is header."""
  11
  12     return line.startswith('#')
  13
  14 def has_END(line):
  15     """Check if a line has the 'END=' tag."""
  16
  17     return 'END=' in line
  18
  19 # FIELD index
  20 # CHROM 0, POS 1, REF 3, QUAL 5, INFO 7, FORMAT 8, sample 9
  21
  22 def fix_END(line):
  23
  24     all_fields = line.split('\t')
  25     INFO = all_fields[7]
  26     INFO_fields = INFO.split(';')
  27     for i, INFO_field in enumerate(INFO_fields):
  28         if INFO_field.split('=')[0] == 'END':
  29             INFO_fields[i] = INFO_fields[i].replace('.', '')
  30
  31     all_fields[7] = ';'.join(INFO_fields)
  32     line = '\t'.join(all_fields)
  33
  34     return line
  35
  36 if __name__ == '__main__':
  37     vcf = sys.argv[1]
  38     with open(vcf) as g:
  39         for line in g:
  40             if is_header(line):
  41                 print line.strip()
  42             elif has_END(line):
  43                 print fix_END(line).strip()
  44             else:
  45                 print line.strip()