Merge branch '21543-lightning-subdir'
[lightning.git] / cwl / preprocess / cgivar / cgatools-mkvcf.sh
1 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
2 #
3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
4
5 #!/bin/sh
6
7 REFERENCE=$1
8 CGIVAR=$2
9
10 cgatools mkvcf --beta --reference $REFERENCE --include-no-calls --field-names GT,GQ,DP,AD --source-names masterVar --master-var $CGIVAR || true