docker/beagle5.4/Dockerfile

   1 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 FROM ubuntu:16.04
   6 MAINTAINER Jiayong Li <jli@curii.com>
   7 USER root
   8
   9 RUN apt-get update --fix-missing -qy
  10
  11 RUN apt-get install -qy wget \
  12         build-essential \
  13         cmake \
  14         zlib1g-dev \
  15         libbz2-dev \
  16         liblzma-dev \
  17         libncurses5-dev \
  18         libncursesw5-dev \
  19         gcc \
  20         make \
  21         python \
  22         git
  23
  24 #Installing OpenJDK-8
  25 RUN apt-get update && \
  26     apt-get install -y openjdk-8-jdk && \
  27     apt-get install -y ant && \
  28     apt-get clean
  29
  30 #Fixing certificate issues
  31 RUN apt-get update && \
  32     apt-get install ca-certificates-java && \
  33     apt-get clean && \
  34     update-ca-certificates -f
  35
  36 # Getting beagle5.4
  37 RUN wget https://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.05May22.33a.jar
  38 RUN wget https://faculty.washington.edu/browning/beagle/bref3.05May22.33a.jar
  39
  40 # Getting HTSLIB 1.9 for tabix/bgzip
  41
  42 RUN wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.9/htslib-1.9.tar.bz2 && tar -xjvf htslib-1.9.tar.bz2 && \
  43     cd htslib-1.9 && ./configure && make && make install
  44
  45 WORKDIR /
  46
  47 # Installing samtools 1.9
  48
  49 RUN wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2 && tar -xjvf samtools-1.9.tar.bz2 && \
  50     cd samtools-1.9 && ./configure && make && make install
  51
  52 WORKDIR /
  53
  54 # Installing bcftools 1.9
  55
  56 RUN wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.9/bcftools-1.9.tar.bz2 && tar -xjvf bcftools-1.9.tar.bz2 && \
  57     cd bcftools-1.9 && ./configure && make && make install
  58
  59 WORKDIR /