cwl/preprocess/chrmvcf/getfiles.cwl

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   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
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   5 cwlVersion: v1.0
   6 class: ExpressionTool
   7 label: Create list of VCFs to process
   8 requirements:
   9   InlineJavascriptRequirement: {}
  10 inputs:
  11   dir:
  12     type: Directory
  13     label: Input directory of VCFs
  14 outputs:
  15   vcfs:
  16     type: File[]
  17     label: Output VCFs
  18 expression: |
  19   ${
  20     var vcfs = [];
  21     for (var i = 0; i < inputs.dir.listing.length; i++) {
  22       var file = inputs.dir.listing[i];
  23       if (file.nameext == ".gz") {
  24         vcfs.push(file);
  25       }
  26     }
  27     return {"vcfs": vcfs};
  28   }