cwl/preprocess/cgivar/fix_vcf.cwl

   1 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 cwlVersion: v1.0
   6 class: CommandLineTool
   7 label: Fix VCF with an extra period in the INFO field
   8 requirements:
   9   InlineJavascriptRequirement: {}
  10 inputs:
  11   fixscript:
  12     type: File
  13     label: Script to fix VCF
  14   vcf:
  15     type: File
  16     label: Input VCF
  17 outputs:
  18   fixedvcf:
  19     type: stdout
  20     label: Fixed VCF
  21 arguments:
  22   - $(inputs.fixscript)
  23   - $(inputs.vcf)
  24 stdout: $(inputs.vcf.nameroot).vcf