cwl/annotation/src/totalcounts.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 set -e
   7 set -o pipefail
   8
   9 counts=( "$@" )
  10
  11 export allrsid="0"
  12 export allgnomad="0"
  13 export alltotal="0"
  14
  15 cat ${counts[@]}
  16
  17 for count in ${counts[@]}; do
  18   rsid=`cut -d' ' -f5 $count`
  19   gnomad=`cut -d' ' -f10 $count`
  20   total=`cut -d' ' -f2 $count`
  21   allrsid=`echo $(($allrsid + $rsid))`
  22   allgnomad=`echo $(($allgnomad + $gnomad))`
  23   alltotal=`echo $(($alltotal + $total))`
  24 done
  25 rsidpercentage=`awk -v n="$allrsid" -v d="$alltotal" 'BEGIN {print n/d*100}'`
  26 gnomadpercentage=`awk -v n="$allgnomad" -v d="$alltotal" 'BEGIN {print n/d*100}'`
  27
  28 echo "overall: $alltotal total variants, $allrsid variants ($rsidpercentage%) have rsID, $allgnomad variants ($gnomadpercentage%) have gnomad AF"