cwl/annotation/src/getcount.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 set -e
   7 set -o pipefail
   8
   9 sample=$1
  10 vcf=$2
  11
  12 total=`zcat $vcf | awk '!(/^#/)' | wc -l`
  13 rsid=`zcat $vcf | awk '(!(/^#/) && /rs/)' | wc -l`
  14 gnomad=`zcat $vcf | awk '(!(/^#/) && /AF/)' | wc -l`
  15 rsidpercentage=`awk -v n="$rsid" -v d="$total" 'BEGIN {print n/d*100}'`
  16 gnomadpercentage=`awk -v n="$gnomad" -v d="$total" 'BEGIN {print n/d*100}'`
  17
  18 echo "$sample: $total total variants, $rsid variants ($rsidpercentage%) have rsID, $gnomad variants ($gnomadpercentage%) have gnomad AF"