manhattan.go

   1 // Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 //
   3 // SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 package lightning
   6
   7 import (
   8         _ "embed"
   9         "flag"
  10         "fmt"
  11         "io"
  12         "os/exec"
  13         "strings"
  14
  15         "git.arvados.org/arvados.git/sdk/go/arvados"
  16 )
  17
  18 type manhattanPlot struct{}
  19
  20 //go:embed manhattan.py
  21 var manhattanPy string
  22
  23 func (cmd *manhattanPlot) RunCommand(prog string, args []string, stdin io.Reader, stdout, stderr io.Writer) int {
  24         var err error
  25         defer func() {
  26                 if err != nil {
  27                         fmt.Fprintf(stderr, "%s\n", err)
  28                 }
  29         }()
  30         flags := flag.NewFlagSet("", flag.ContinueOnError)
  31         flags.SetOutput(stderr)
  32         projectUUID := flags.String("project", "", "project `UUID` for output data")
  33         inputDirectory := flags.String("i", "-", "input `directory` (output of slice-numpy -single-onehot)")
  34         outputFilename := flags.String("o", "", "output `filename` (e.g., './plot.png')")
  35         priority := flags.Int("priority", 500, "container request priority")
  36         runlocal := flags.Bool("local", false, "run on local host (default: run in an arvados container)")
  37         err = flags.Parse(args)
  38         if err == flag.ErrHelp {
  39                 err = nil
  40                 return 0
  41         } else if err != nil {
  42                 return 2
  43         } else if flags.NArg() > 0 {
  44                 err = fmt.Errorf("errant command line arguments after parsed flags: %v", flags.Args())
  45                 return 2
  46         }
  47
  48         runner := arvadosContainerRunner{
  49                 Name:        "lightning manhattan",
  50                 Client:      arvados.NewClientFromEnv(),
  51                 ProjectUUID: *projectUUID,
  52                 RAM:         4 << 30,
  53                 VCPUs:       1,
  54                 Priority:    *priority,
  55                 Mounts: map[string]map[string]interface{}{
  56                         "/manhattan.py": map[string]interface{}{
  57                                 "kind":    "text",
  58                                 "content": manhattanPy,
  59                         },
  60                 },
  61         }
  62         if !*runlocal {
  63                 err = runner.TranslatePaths(inputDirectory)
  64                 if err != nil {
  65                         return 1
  66                 }
  67                 *outputFilename = "/mnt/output/plot.png"
  68         }
  69         args = []string{
  70                 *inputDirectory,
  71                 *outputFilename,
  72         }
  73         if *runlocal {
  74                 if *outputFilename == "" {
  75                         fmt.Fprintln(stderr, "error: must specify -o filename.png in local mode (or try -help)")
  76                         return 1
  77                 }
  78                 cmd := exec.Command("python3", append([]string{"-"}, args...)...)
  79                 cmd.Stdin = strings.NewReader(manhattanPy)
  80                 cmd.Stdout = stdout
  81                 cmd.Stderr = stderr
  82                 err = cmd.Run()
  83                 if err != nil {
  84                         return 1
  85                 }
  86                 return 0
  87         }
  88         runner.Prog = "python3"
  89         runner.Args = append([]string{"/manhattan.py"}, args...)
  90         var output string
  91         output, err = runner.Run()
  92         if err != nil {
  93                 return 1
  94         }
  95         fmt.Fprintln(stdout, output+"/plot.png")
  96         return 0
  97 }