taglib.go

   1 package main
   2
   3 import (
   4         "bufio"
   5         "bytes"
   6         "fmt"
   7         "io"
   8 )
   9
  10 const tagmapKeySize = 24
  11
  12 type tagmapKey [tagmapKeySize]byte
  13
  14 type tagID int32
  15
  16 type tagInfo struct {
  17         id     tagID // 0-based position in input tagset
  18         tagseq []byte
  19 }
  20
  21 type tagLibrary struct {
  22         tagmap map[tagmapKey]tagInfo
  23         keylen int
  24 }
  25
  26 func (taglib *tagLibrary) Load(rdr io.Reader) error {
  27         var seqs [][]byte
  28         scanner := bufio.NewScanner(rdr)
  29         for scanner.Scan() {
  30                 data := scanner.Bytes()
  31                 if len(data) > 0 && data[0] == '>' {
  32                 } else {
  33                         seqs = append(seqs, append([]byte(nil), data...))
  34                 }
  35         }
  36         if err := scanner.Err(); err != nil {
  37                 return err
  38         }
  39         return taglib.setTags(seqs)
  40 }
  41
  42 func (taglib *tagLibrary) FindAll(buf []byte, fn func(id tagID, pos, taglen int)) {
  43         var key tagmapKey
  44         for i := 0; i <= len(buf)-taglib.keylen; i++ {
  45                 copy(key[:taglib.keylen], buf[i:])
  46                 if taginfo, ok := taglib.tagmap[key]; !ok {
  47                         continue
  48                 } else if len(taginfo.tagseq) > taglib.keylen && (len(buf) < i+len(taginfo.tagseq) || !bytes.Equal(taginfo.tagseq, buf[i:i+len(taginfo.tagseq)])) {
  49                         // key portion matches, but not the entire tag
  50                         continue
  51                 } else {
  52                         fn(taginfo.id, i, len(taginfo.tagseq))
  53                         i += len(taginfo.tagseq) - 1 // don't try to match overlapping tags
  54                 }
  55         }
  56 }
  57
  58 func (taglib *tagLibrary) Len() int {
  59         return len(taglib.tagmap)
  60 }
  61
  62 func (taglib *tagLibrary) setTags(tags [][]byte) error {
  63         taglib.keylen = tagmapKeySize
  64         for _, t := range tags {
  65                 if l := len(t); taglib.keylen > l {
  66                         taglib.keylen = l
  67                 }
  68         }
  69         taglib.tagmap = map[tagmapKey]tagInfo{}
  70         for i, t := range tags {
  71                 t = bytes.ToLower(t)
  72                 var key tagmapKey
  73                 copy(key[:], t[:taglib.keylen])
  74                 if _, ok := taglib.tagmap[key]; ok {
  75                         return fmt.Errorf("first %d bytes of tag %d (%s) are not unique", taglib.keylen, i, key)
  76                 }
  77                 taglib.tagmap[key] = tagInfo{tagID(i), t}
  78         }
  79         return nil
  80 }