diff.go

   1 // Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 //
   3 // SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 package lightning
   6
   7 import (
   8         "bufio"
   9         "bytes"
  10         "flag"
  11         "fmt"
  12         "io"
  13         "os"
  14
  15         "github.com/arvados/lightning/hgvs"
  16 )
  17
  18 type diffFasta struct{}
  19
  20 func (cmd *diffFasta) RunCommand(prog string, args []string, stdin io.Reader, stdout, stderr io.Writer) int {
  21         var err error
  22         defer func() {
  23                 if err != nil {
  24                         fmt.Fprintf(stderr, "%s\n", err)
  25                 }
  26         }()
  27         flags := flag.NewFlagSet("", flag.ContinueOnError)
  28         flags.SetOutput(stderr)
  29         offset := flags.Int("offset", 0, "coordinate offset")
  30         sequence := flags.String("sequence", "chr1", "sequence label")
  31         timeout := flags.Duration("timeout", 0, "timeout (examples: \"1s\", \"1ms\")")
  32         err = flags.Parse(args)
  33         if err == flag.ErrHelp {
  34                 err = nil
  35                 return 0
  36         } else if err != nil {
  37                 return 2
  38         }
  39         if len(flags.Args()) != 2 {
  40                 err = fmt.Errorf("usage: %s [options] a.fasta b.fasta", prog)
  41                 return 2
  42         }
  43
  44         var fasta [2][]byte
  45         errs := make(chan error, 2)
  46         for idx, fnm := range flags.Args() {
  47                 idx, fnm := idx, fnm
  48                 go func() {
  49                         f, err := os.Open(fnm)
  50                         if err != nil {
  51                                 errs <- err
  52                                 return
  53                         }
  54                         defer f.Close()
  55                         scanner := bufio.NewScanner(f)
  56                         scanner.Buffer(nil, 64*1024*1024)
  57                         for scanner.Scan() {
  58                                 buf := scanner.Bytes()
  59                                 if len(buf) > 0 && buf[0] != '>' {
  60                                         fasta[idx] = append(fasta[idx], bytes.ToUpper(buf)...)
  61                                 }
  62                         }
  63                         errs <- scanner.Err()
  64                 }()
  65         }
  66         for range flags.Args() {
  67                 if err = <-errs; err != nil {
  68                         return 1
  69                 }
  70         }
  71
  72         variants, timedOut := hgvs.Diff(string(fasta[0]), string(fasta[1]), *timeout)
  73         if *offset != 0 {
  74                 for i := range variants {
  75                         variants[i].Position += *offset
  76                 }
  77         }
  78         for _, v := range variants {
  79                 fmt.Fprintf(stdout, "%s:g.%s\t%s\t%d\t%s\t%s\t%v\n", *sequence, v.String(), *sequence, v.Position, v.Ref, v.New, timedOut)
  80         }
  81         return 0
  82 }