example-1kg-plot.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 import csv
   4 import os
   5 import scipy
   6 import sys
   7
   8 infile = sys.argv[1]
   9 X = scipy.load(infile)
  10
  11 colors = None
  12 if len(sys.argv) > 2:
  13     labels = {}
  14     for fnm in os.listdir(sys.argv[3]):
  15         if '.2.fasta' not in fnm:
  16             labels[fnm] = '---'
  17     if len(labels) != len(X):
  18         raise "len(inputdir) != len(inputarray)"
  19     with open(sys.argv[2], 'rb') as csvfile:
  20         for row in csv.reader(csvfile):
  21             ident=row[0]
  22             label=row[1]
  23             for fnm in labels:
  24                 if row[0] in fnm:
  25                     labels[fnm] = row[1]
  26     colors = []
  27     labelcolors = {
  28         'PUR': 'firebrick',
  29         'CLM': 'firebrick',
  30         'MXL': 'firebrick',
  31         'PEL': 'firebrick',
  32         'TSI': 'green',
  33         'IBS': 'green',
  34         'CEU': 'green',
  35         'GBR': 'green',
  36         'FIN': 'green',
  37         'LWK': 'coral',
  38         'MSL': 'coral',
  39         'GWD': 'coral',
  40         'YRI': 'coral',
  41         'ESN': 'coral',
  42         'ACB': 'coral',
  43         'ASW': 'coral',
  44         'KHV': 'royalblue',
  45         'CDX': 'royalblue',
  46         'CHS': 'royalblue',
  47         'CHB': 'royalblue',
  48         'JPT': 'royalblue',
  49         'STU': 'blueviolet',
  50         'ITU': 'blueviolet',
  51         'BEB': 'blueviolet',
  52         'GIH': 'blueviolet',
  53         'PJL': 'blueviolet',
  54     }
  55     for fnm in sorted(labels.keys()):
  56         colors.append(labelcolors[labels[fnm]])
  57
  58 from matplotlib.figure import Figure
  59 from matplotlib.patches import Polygon
  60 from matplotlib.backends.backend_agg import FigureCanvasAgg
  61 fig = Figure()
  62 ax = fig.add_subplot(111)
  63 ax.scatter(X[:,0], X[:,1], c=colors, s=60, marker='o', alpha=0.5)
  64 canvas = FigureCanvasAgg(fig)
  65 canvas.print_figure(infile+".png", dpi=80)