cwl/gvcf2fasta/src/fixvcf-get_bed_varonlyvcf.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 set -eo pipefail
   7
   8 sampleid="$1"
   9 vcf="$2"
  10 gqcutoff="$3"
  11 genomebed="$4"
  12
  13 bcftools view --trim-alt-alleles $vcf | egrep -v "\*|<NON_REF>" | tee \
  14   >( /gvcf_regions/gvcf_regions.py --min_GQ $gqcutoff - > "$sampleid".bed ) \
  15   >( rtg vcffilter -i - -o - --remove-overlapping | awk '{if ($5 != ".") print $0}' | bgzip -c > "$sampleid"_varonly.vcf.gz ) \
  16   > /dev/null
  17
  18 bedtools subtract -a $genomebed -b "$sampleid".bed > "$sampleid"_nocall.bed
  19 rm "$sampleid".bed
  20 tabix "$sampleid"_varonly.vcf.gz