export_test.go

   1 package lightning
   2
   3 import (
   4         "bytes"
   5         "io/ioutil"
   6         "os"
   7         "os/exec"
   8
   9         "gopkg.in/check.v1"
  10 )
  11
  12 type exportSuite struct{}
  13
  14 var _ = check.Suite(&exportSuite{})
  15
  16 func (s *exportSuite) TestFastaToHGVS(c *check.C) {
  17         tmpdir := c.MkDir()
  18
  19         err := ioutil.WriteFile(tmpdir+"/chr1-12-100.bed", []byte("chr1\t12\t100\ttest.1\n"), 0644)
  20         c.Check(err, check.IsNil)
  21
  22         var buffer bytes.Buffer
  23         exited := (&importer{}).RunCommand("import", []string{"-local=true", "-tag-library", "testdata/tags", "-output-tiles", "-save-incomplete-tiles", "testdata/pipeline1", "testdata/ref.fasta"}, &bytes.Buffer{}, &buffer, os.Stderr)
  24         c.Assert(exited, check.Equals, 0)
  25         ioutil.WriteFile(tmpdir+"/library.gob", buffer.Bytes(), 0644)
  26
  27         exited = (&exporter{}).RunCommand("export", []string{
  28                 "-local=true",
  29                 "-input-dir=" + tmpdir,
  30                 "-output-dir=" + tmpdir,
  31                 "-output-format=hgvs-onehot",
  32                 "-output-labels=" + tmpdir + "/labels.csv",
  33                 "-ref=testdata/ref.fasta",
  34         }, &buffer, os.Stderr, os.Stderr)
  35         c.Check(exited, check.Equals, 0)
  36         output, err := ioutil.ReadFile(tmpdir + "/out.chr1.tsv")
  37         if !c.Check(err, check.IsNil) {
  38                 out, _ := exec.Command("find", tmpdir, "-ls").CombinedOutput()
  39                 c.Logf("%s", out)
  40         }
  41         c.Check(sortLines(string(output)), check.Equals, sortLines(`chr1.1_3delinsGGC   1       0
  42 chr1.41_42delinsAA      1       0
  43 chr1.161A>T     1       0
  44 chr1.178A>T     1       0
  45 chr1.222_224del 1       0
  46 chr1.302_305delinsAAAA  1       0
  47 `))
  48         output, err = ioutil.ReadFile(tmpdir + "/out.chr2.tsv")
  49         c.Check(err, check.IsNil)
  50         c.Check(sortLines(string(output)), check.Equals, sortLines(`chr2.1_3delinsAAA   0       1
  51 chr2.125_127delinsAAA   0       1
  52 chr2.241_254del 1       0
  53 chr2.258_269delinsAA    1       0
  54 chr2.315C>A     1       0
  55 chr2.470_472del 1       0
  56 chr2.471_472delinsAA    1       0
  57 `))
  58         labels, err := ioutil.ReadFile(tmpdir + "/labels.csv")
  59         c.Check(err, check.IsNil)
  60         c.Check(string(labels), check.Equals, `0,"input1","out.tsv"
  61 1,"input2","out.tsv"
  62 `)
  63
  64         exited = (&exporter{}).RunCommand("export", []string{
  65                 "-local=true",
  66                 "-input-dir=" + tmpdir,
  67                 "-output-dir=" + tmpdir,
  68                 "-output-format=pvcf",
  69                 "-ref=testdata/ref.fasta",
  70         }, &buffer, os.Stderr, os.Stderr)
  71         c.Check(exited, check.Equals, 0)
  72         output, err = ioutil.ReadFile(tmpdir + "/out.chr1.vcf")
  73         c.Check(err, check.IsNil)
  74         c.Log(string(output))
  75         c.Check(sortLines(string(output)), check.Equals, sortLines(`##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
  76 #CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  testdata/pipeline1/input1.1.fasta       testdata/pipeline1/input2.1.fasta
  77 chr1    1       .       NNN     GGC     .       .       .       GT      1/1     0/0
  78 chr1    41      .       TT      AA      .       .       .       GT      1/0     0/0
  79 chr1    161     .       A       T       .       .       .       GT      0/1     0/0
  80 chr1    178     .       A       T       .       .       .       GT      0/1     0/0
  81 chr1    221     .       TCCA    T       .       .       .       GT      1/1     0/0
  82 chr1    302     .       TTTT    AAAA    .       .       .       GT      0/1     0/0
  83 `))
  84         output, err = ioutil.ReadFile(tmpdir + "/out.chr2.vcf")
  85         c.Check(err, check.IsNil)
  86         c.Log(string(output))
  87         c.Check(sortLines(string(output)), check.Equals, sortLines(`##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
  88 #CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  testdata/pipeline1/input1.1.fasta       testdata/pipeline1/input2.1.fasta
  89 chr2    1       .       TTT     AAA     .       .       .       GT      0/0     0/1
  90 chr2    125     .       CTT     AAA     .       .       .       GT      0/0     1/1
  91 chr2    240     .       ATTTTTCTTGCTCTC A       .       .       .       GT      1/0     0/0
  92 chr2    258     .       CCTTGTATTTTT    AA      .       .       .       GT      1/0     0/0
  93 chr2    315     .       C       A       .       .       .       GT      1/0     0/0
  94 chr2    469     .       GTGG    G       .       .       .       GT      1/0     0/0
  95 chr2    471     .       GG      AA      .       .       .       GT      0/1     0/0
  96 `))
  97
  98         exited = (&exporter{}).RunCommand("export", []string{
  99                 "-local=true",
 100                 "-input-dir=" + tmpdir,
 101                 "-output-dir=" + tmpdir,
 102                 "-output-format=vcf",
 103                 "-ref=testdata/ref.fasta",
 104         }, &buffer, os.Stderr, os.Stderr)
 105         c.Check(exited, check.Equals, 0)
 106         output, err = ioutil.ReadFile(tmpdir + "/out.chr1.vcf")
 107         c.Check(err, check.IsNil)
 108         c.Log(string(output))
 109         c.Check(sortLines(string(output)), check.Equals, sortLines(`#CHROM      POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO
 110 chr1    1       .       NNN     GGC     .       .       AC=2
 111 chr1    41      .       TT      AA      .       .       AC=1
 112 chr1    161     .       A       T       .       .       AC=1
 113 chr1    178     .       A       T       .       .       AC=1
 114 chr1    221     .       TCCA    T       .       .       AC=2
 115 chr1    302     .       TTTT    AAAA    .       .       AC=1
 116 `))
 117         output, err = ioutil.ReadFile(tmpdir + "/out.chr2.vcf")
 118         c.Check(err, check.IsNil)
 119         c.Log(string(output))
 120         c.Check(sortLines(string(output)), check.Equals, sortLines(`#CHROM      POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO
 121 chr2    1       .       TTT     AAA     .       .       AC=1
 122 chr2    125     .       CTT     AAA     .       .       AC=2
 123 chr2    240     .       ATTTTTCTTGCTCTC A       .       .       AC=1
 124 chr2    258     .       CCTTGTATTTTT    AA      .       .       AC=1
 125 chr2    315     .       C       A       .       .       AC=1
 126 chr2    469     .       GTGG    G       .       .       AC=1
 127 chr2    471     .       GG      AA      .       .       AC=1
 128 `))
 129 }