docker/cgivar2vcfbed/Dockerfile

   1 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 # build instruction:
   6 # docker build -t dockername --file=/path/to/lightning/docker/lightning/Dockerfile /path/to/lightning
   7
   8 FROM python:3.11-buster
   9
  10 USER root
  11
  12 RUN apt-get update -q
  13
  14 RUN apt-get install -qy build-essential wget cmake zlib1g-dev git
  15
  16 # Seting up gvcf_regions
  17 COPY ./gvcf_regions /gvcf_regions
  18
  19 # Installing cgatools 1.8.0
  20
  21 RUN wget https://sourceforge.net/projects/cgatools/files/1.8.0/cgatools-1.8.0.1-linux_binary-x86_64.tar.gz && \
  22     tar -xzvf cgatools-1.8.0.1-linux_binary-x86_64.tar.gz && \
  23     cp cgatools-1.8.0.1-linux_binary-x86_64/bin/cgatools /usr/local/bin
  24
  25 WORKDIR /
  26
  27 # Getting HTSLIB for tabix/bgzip
  28
  29 RUN wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.3.1/htslib-1.3.1.tar.bz2 && \
  30     tar -xjvf htslib-1.3.1.tar.bz2 && \
  31     cd htslib-1.3.1 && ./configure && make && make install
  32
  33 WORKDIR /
  34
  35 # Installing bedtools v2.25.0 and dependencies
  36
  37 RUN wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.25.0/bedtools-2.25.0.tar.gz && \
  38     tar -xzvf bedtools-2.25.0.tar.gz && \
  39     cd bedtools2/ && make && cp /bedtools2/bin/bedtools /usr/local/bin
  40
  41 WORKDIR /
  42
  43