gob.go

   1 package main
   2
   3 import (
   4         "bufio"
   5         "encoding/gob"
   6         "io"
   7         _ "net/http/pprof"
   8
   9         "golang.org/x/crypto/blake2b"
  10 )
  11
  12 type CompactGenome struct {
  13         Name     string
  14         Variants []tileVariantID
  15 }
  16
  17 type TileVariant struct {
  18         Tag      tagID
  19         Variant  tileVariantID
  20         Blake2b  [blake2b.Size256]byte
  21         Sequence []byte
  22 }
  23
  24 type LibraryEntry struct {
  25         TagSet         [][]byte
  26         CompactGenomes []CompactGenome
  27         TileVariants   []TileVariant
  28 }
  29
  30 func ReadCompactGenomes(rdr io.Reader) ([]CompactGenome, error) {
  31         dec := gob.NewDecoder(bufio.NewReaderSize(rdr, 1<<26))
  32         var ret []CompactGenome
  33         for {
  34                 var ent LibraryEntry
  35                 err := dec.Decode(&ent)
  36                 if err == io.EOF {
  37                         return ret, nil
  38                 } else if err != nil {
  39                         return nil, err
  40                 }
  41                 ret = append(ret, ent.CompactGenomes...)
  42         }
  43 }