cwl/gvcf2fasta/src/bcftools-consensus.sh

   1 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 #!/bin/bash
   6
   7 set -eo pipefail
   8
   9 sampleid="$1"
  10 vcf="$2"
  11 ref="$3"
  12 mask="$4"
  13
  14 haplotypes=(1 2)
  15
  16 for haplotype in ${haplotypes[@]}; do
  17   bcftools consensus --fasta-ref $ref --haplotype $haplotype --mask $mask $vcf | bgzip -c > "$sampleid"."$haplotype".fa.gz
  18 done