cwl/comparevcf/src/concatenate.sh

   1 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 #!/bin/bash
   6
   7 set -e
   8 set -o pipefail
   9
  10 lightningvcfdir="$1"
  11
  12 chrs=`seq 22`
  13 chrs+=("X" "Y" "M")
  14
  15 for chr in ${chrs[@]}; do
  16   vcf=`ls $lightningvcfdir/*.chr$chr.*`
  17   egrep -v ^# $vcf
  18 done