cwl/comparevcf/change-GT.cwl

   1 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 cwlVersion: v1.2
   6 class: CommandLineTool
   7 hints:
   8   DockerRequirement:
   9     dockerPull: vcfutil
  10   ResourceRequirement:
  11     ramMin: 5000
  12 inputs:
  13   sampleid: string
  14   suffix: string
  15   vcf: File
  16   header: File
  17   bashscript: File
  18 outputs:
  19   modifiedvcf:
  20     type: File
  21     outputBinding:
  22       glob: "*vcf.gz"
  23     secondaryFiles: [.tbi]
  24 arguments:
  25   - $(inputs.bashscript)
  26   - $(inputs.sampleid)
  27   - $(inputs.suffix)
  28   - $(inputs.vcf)
  29   - $(inputs.header)