cwl/annotation/getfiles.cwl

   1 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 cwlVersion: v1.1
   6 class: ExpressionTool
   7 requirements:
   8   InlineJavascriptRequirement: {}
   9 hints:
  10   LoadListingRequirement:
  11     loadListing: shallow_listing
  12 inputs:
  13   sample: string
  14   chrs: string[]
  15   vcfdir: Directory
  16   gnomaddir: Directory
  17 outputs:
  18   samples: string[]
  19   vcfs: File[]
  20   gnomads:
  21     type: File[]
  22     secondaryFiles: [.csi]
  23 expression: |
  24   ${
  25     var samples = [];
  26     var vcfs = [];
  27     var gnomads = [];
  28
  29     for (var i = 0; i < inputs.chrs.length; i++) {
  30       var chr = inputs.chrs[i];
  31       var sample = inputs.sample+"."+chr;
  32       for (var j = 0; j < inputs.vcfdir.listing.length; j++) {
  33         var file = inputs.vcfdir.listing[j];
  34         if (file.basename.includes("."+chr+".")) {
  35           var vcf = file;
  36           break;
  37         }
  38       }
  39       for (var j = 0; j < inputs.gnomaddir.listing.length; j++) {
  40         var file = inputs.gnomaddir.listing[j];
  41         if (file.basename.includes("."+chr+".")) {
  42           var gnomad = file;
  43           break;
  44         }
  45       }
  46       for (var j = 0; j < inputs.gnomaddir.listing.length; j++) {
  47         var file = inputs.gnomaddir.listing[j];
  48         if (file.basename == gnomad.basename+".csi") {
  49           gnomad.secondaryFiles = [file];
  50           break;
  51         }
  52       }
  53       samples.push(sample);
  54       vcfs.push(vcf);
  55       gnomads.push(gnomad);
  56     }
  57
  58     return {"samples": samples, "vcfs": vcfs, "gnomads": gnomads};
  59   }