plot.go

   1 // Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 //
   3 // SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 package lightning
   6
   7 import (
   8         _ "embed"
   9         "flag"
  10         "fmt"
  11         "io"
  12         _ "net/http/pprof"
  13         "os/exec"
  14         "strings"
  15
  16         "git.arvados.org/arvados.git/sdk/go/arvados"
  17 )
  18
  19 type pythonPlot struct{}
  20
  21 //go:embed plot.py
  22 var plotscript string
  23
  24 func (cmd *pythonPlot) RunCommand(prog string, args []string, stdin io.Reader, stdout, stderr io.Writer) int {
  25         var err error
  26         defer func() {
  27                 if err != nil {
  28                         fmt.Fprintf(stderr, "%s\n", err)
  29                 }
  30         }()
  31         flags := flag.NewFlagSet("", flag.ContinueOnError)
  32         flags.SetOutput(stderr)
  33         projectUUID := flags.String("project", "", "project `UUID` for output data")
  34         inputFilename := flags.String("i", "-", "input `file`")
  35         outputFilename := flags.String("o", "", "output `filename` (e.g., './plot.png')")
  36         sampleListFilename := flags.String("samples", "", "use second column of `samples.csv` as complete list of sample IDs")
  37         phenotypeFilename := flags.String("phenotype", "", "use `phenotype.csv` as id->phenotype mapping (column 0 is sample id)")
  38         cat1Column := flags.Int("phenotype-cat1-column", 1, "0-based column `index` of 1st category in phenotype.csv file")
  39         cat2Column := flags.Int("phenotype-cat2-column", -1, "0-based column `index` of 2nd category in phenotype.csv file")
  40         xComponent := flags.Int("x", 1, "1-based PCA component to plot on x axis")
  41         yComponent := flags.Int("y", 2, "1-based PCA component to plot on y axis")
  42         priority := flags.Int("priority", 500, "container request priority")
  43         runlocal := flags.Bool("local", false, "run on local host (default: run in an arvados container)")
  44         err = flags.Parse(args)
  45         if err == flag.ErrHelp {
  46                 err = nil
  47                 return 0
  48         } else if err != nil {
  49                 return 2
  50         }
  51
  52         runner := arvadosContainerRunner{
  53                 Name:        "lightning plot",
  54                 Client:      arvados.NewClientFromEnv(),
  55                 ProjectUUID: *projectUUID,
  56                 RAM:         4 << 30,
  57                 VCPUs:       1,
  58                 Priority:    *priority,
  59                 Mounts: map[string]map[string]interface{}{
  60                         "/plot.py": map[string]interface{}{
  61                                 "kind":    "text",
  62                                 "content": plotscript,
  63                         },
  64                 },
  65         }
  66         if !*runlocal {
  67                 err = runner.TranslatePaths(inputFilename, sampleListFilename, phenotypeFilename)
  68                 if err != nil {
  69                         return 1
  70                 }
  71                 *outputFilename = "/mnt/output/plot.png"
  72         }
  73         args = []string{
  74                 *inputFilename,
  75                 fmt.Sprintf("%d", *xComponent),
  76                 fmt.Sprintf("%d", *yComponent),
  77                 *sampleListFilename,
  78                 *phenotypeFilename,
  79                 fmt.Sprintf("%d", *cat1Column),
  80                 fmt.Sprintf("%d", *cat2Column),
  81                 *outputFilename,
  82         }
  83         if *runlocal {
  84                 if *outputFilename == "" {
  85                         fmt.Fprintln(stderr, "error: must specify -o filename.png in local mode (or try -help)")
  86                         return 1
  87                 }
  88                 cmd := exec.Command("python3", append([]string{"-"}, args...)...)
  89                 cmd.Stdin = strings.NewReader(plotscript)
  90                 cmd.Stdout = stdout
  91                 cmd.Stderr = stderr
  92                 err = cmd.Run()
  93                 if err != nil {
  94                         return 1
  95                 }
  96                 return 0
  97         }
  98         runner.Prog = "python3"
  99         runner.Args = append([]string{"/plot.py"}, args...)
 100         var output string
 101         output, err = runner.Run()
 102         if err != nil {
 103                 return 1
 104         }
 105         fmt.Fprintln(stdout, output+"/plot.png")
 106         return 0
 107 }