cwl/annotation/getcount.cwl

   1 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 cwlVersion: v1.1
   6 class: CommandLineTool
   7 hints:
   8   DockerRequirement:
   9     dockerPull: vcfutil
  10   ResourceRequirement:
  11     ramMin: 5000
  12 inputs:
  13   sample: string
  14   vcf: File
  15   bashscript:
  16     type: File
  17     default:
  18       class: File
  19       location: src/getcount.sh
  20 outputs:
  21   count:
  22     type: stdout
  23 arguments:
  24   - $(inputs.bashscript)
  25   - $(inputs.sample)
  26   - $(inputs.vcf)
  27 stdout: $(inputs.sample).txt