docker/beagle5.4/Dockerfile

   1 # Copyright (C) The Lightning Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 FROM ubuntu:16.04
   6 USER root
   7
   8 RUN apt-get update --fix-missing -qy
   9
  10 RUN apt-get install -qy wget \
  11         build-essential \
  12         cmake \
  13         zlib1g-dev \
  14         libbz2-dev \
  15         liblzma-dev \
  16         libncurses5-dev \
  17         libncursesw5-dev \
  18         gcc \
  19         make \
  20         python \
  21         git
  22
  23 #Installing OpenJDK-8
  24 RUN apt-get update && \
  25     apt-get install -y openjdk-8-jdk && \
  26     apt-get install -y ant && \
  27     apt-get clean
  28
  29 #Fixing certificate issues
  30 RUN apt-get update && \
  31     apt-get install ca-certificates-java && \
  32     apt-get clean && \
  33     update-ca-certificates -f
  34
  35 # Getting beagle5.4
  36 RUN wget https://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.05May22.33a.jar
  37 RUN wget https://faculty.washington.edu/browning/beagle/bref3.05May22.33a.jar
  38
  39 # Getting HTSLIB 1.9 for tabix/bgzip
  40
  41 RUN wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.9/htslib-1.9.tar.bz2 && tar -xjvf htslib-1.9.tar.bz2 && \
  42     cd htslib-1.9 && ./configure && make && make install
  43
  44 WORKDIR /
  45
  46 # Installing samtools 1.9
  47
  48 RUN wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2 && tar -xjvf samtools-1.9.tar.bz2 && \
  49     cd samtools-1.9 && ./configure && make && make install
  50
  51 WORKDIR /
  52
  53 # Installing bcftools 1.9
  54
  55 RUN wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.9/bcftools-1.9.tar.bz2 && tar -xjvf bcftools-1.9.tar.bz2 && \
  56     cd bcftools-1.9 && ./configure && make && make install
  57
  58 WORKDIR /