diff.go

   1 package lightning
   2
   3 import (
   4         "bufio"
   5         "bytes"
   6         "flag"
   7         "fmt"
   8         "io"
   9         "os"
  10
  11         "github.com/arvados/lightning/hgvs"
  12 )
  13
  14 type diffFasta struct{}
  15
  16 func (cmd *diffFasta) RunCommand(prog string, args []string, stdin io.Reader, stdout, stderr io.Writer) int {
  17         var err error
  18         defer func() {
  19                 if err != nil {
  20                         fmt.Fprintf(stderr, "%s\n", err)
  21                 }
  22         }()
  23         flags := flag.NewFlagSet("", flag.ContinueOnError)
  24         flags.SetOutput(stderr)
  25         offset := flags.Int("offset", 0, "coordinate offset")
  26         sequence := flags.String("sequence", "chr1", "sequence label")
  27         timeout := flags.Duration("timeout", 0, "timeout (examples: \"1s\", \"1ms\")")
  28         err = flags.Parse(args)
  29         if err == flag.ErrHelp {
  30                 err = nil
  31                 return 0
  32         } else if err != nil {
  33                 return 2
  34         }
  35         if len(flags.Args()) != 2 {
  36                 err = fmt.Errorf("usage: %s [options] a.fasta b.fasta", prog)
  37                 return 2
  38         }
  39
  40         var fasta [2][]byte
  41         errs := make(chan error, 2)
  42         for idx, fnm := range flags.Args() {
  43                 idx, fnm := idx, fnm
  44                 go func() {
  45                         f, err := os.Open(fnm)
  46                         if err != nil {
  47                                 errs <- err
  48                                 return
  49                         }
  50                         defer f.Close()
  51                         scanner := bufio.NewScanner(f)
  52                         scanner.Buffer(nil, 64*1024*1024)
  53                         for scanner.Scan() {
  54                                 buf := scanner.Bytes()
  55                                 if len(buf) > 0 && buf[0] != '>' {
  56                                         fasta[idx] = append(fasta[idx], bytes.ToUpper(buf)...)
  57                                 }
  58                         }
  59                         errs <- scanner.Err()
  60                 }()
  61         }
  62         for range flags.Args() {
  63                 if err = <-errs; err != nil {
  64                         return 1
  65                 }
  66         }
  67
  68         variants, timedOut := hgvs.Diff(string(fasta[0]), string(fasta[1]), *timeout)
  69         if *offset != 0 {
  70                 for i := range variants {
  71                         variants[i].Position += *offset
  72                 }
  73         }
  74         for _, v := range variants {
  75                 fmt.Fprintf(stdout, "%s:g.%s\t%s\t%d\t%s\t%s\t%v\n", *sequence, v.String(), *sequence, v.Position, v.Ref, v.New, timedOut)
  76         }
  77         return 0
  78 }