Merge branch '2328-keep-permission-flags' (closes #2328)
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-rw-r--r-- 12623 application_controller.rb
-rw-r--r-- 416 authorized_keys_controller.rb
-rw-r--r-- 8632 collections_controller.rb
-rw-r--r-- 2905 folders_controller.rb
-rw-r--r-- 442 groups_controller.rb
-rw-r--r-- 51 humans_controller.rb
-rw-r--r-- 53 job_tasks_controller.rb
-rw-r--r-- 1019 jobs_controller.rb
-rw-r--r-- 2119 keep_disks_controller.rb
-rw-r--r-- 50 links_controller.rb
-rw-r--r-- 95 logs_controller.rb
-rw-r--r-- 50 nodes_controller.rb
-rw-r--r-- 4641 pipeline_instances_controller.rb
-rw-r--r-- 255 pipeline_templates_controller.rb
-rw-r--r-- 105 repositories_controller.rb
-rw-r--r-- 477 sessions_controller.rb
-rw-r--r-- 54 specimens_controller.rb
-rw-r--r-- 51 traits_controller.rb
-rw-r--r-- 418 user_agreements_controller.rb
-rw-r--r-- 8062 users_controller.rb
-rw-r--r-- 745 virtual_machines_controller.rb
-rw-r--r-- 159 websocket_controller.rb