7031: Node manager can also shut down nodes that are in 'down' state

7031: Add drain* to list of slurm states that indicate a node is a candidate
for shutdown.

Brown bag typo bugfix.  refs #7031

Catch errors thrown by sync_node() in Azure driver refs #7031.

Bump node manager libcloud pin to dev3 refs #7031

Merge branch '7121-fix-deadlock' closes #7121

Merge branch '7193-provision-azure-compute' closes #7193

7193: Tweak example config.

7225: ArvadosFile.flush() commits all underlying blocks.

Fix a typo that caused only the last block to be flushed.
Refs #7225.

7121: Add collisionOrCorrupt->DiskHashError test cases where the mismatched data is in buf1.

7170: Fix Ruby configure switch typo.

--no-install-rdoc should be spelled --disable-install-rdoc.
Refs #7170.

Move arvados-api-server-upgrade.sh down in install guide.

Same rationale as 2a6a3720271a12bc8a47928ade5b2c641514ca44.
No issue #.

7121: Add comment about why buffers must be returned.

7121: Fixup log messages (remove excess \n, show which volume had a Get() error).

7121: Log all errors (except the everyday "not found") encountered during CompareAndTouch().

7121: Clarify expected behavior of Compare() in Volume interface.

7121: Rename mutex_test.go -> mock_mutex_for_test.go

7121: Update comment to match new argument name.

7121: 7218: Get the serialize lock before opening a file.

In certain error cases (Stat() succeeds but Open() fails) this can
cause a failure to wait behind the serialize lock, but in normal
operation ("success" and "not found") it conserves open file handles
when there's a lot of contention for the serialize lock.

7121: Test mutex usage with a mock instead of time.Sleep.

7121: Return DiskHashError instead of CollisionError from Compare() where appropriate.

7121: Replace Get(loc,true) with CompareAndTouch(). Add Compare method to Volume, UnixVolume, MockVolume.

7121: Add test case to demonstrate deadlock.

Merge branch '6263-gitolite-test' refs #6263

Merge branch 'wtsi-hgi-fix/7205-arv-edit-tty-check'

refs #7205

Update docs to accomodate URL change for the Arvados redmine
installation. It now lives at dev.arvados.org.

refs #7187

7193: Use tags instead of _make_ping_url

Fix switch typo in arv-mount tutorial docs.

No issue #.

7193: Move ex_run_command to post_create_node()

7193: Bump dependency to dev2

7193: Set timestamp on ex_run_command to ensure that the provisioning script runs.

Moves printing of `arv edit` messages out-of-band

Messages regarding update of object after edit are now
printed out-of-band to STDERR rather than to STDOUT
where they might mix with non-interactive "editors"

Removes unnecessary check that stdout is a TTY

7193: Run provision script after creating node, not in sync_node, because
sync_node doesn't get called until the node has pinged!

arv-copy: Make the help text for the --src and --dst options more easily
intelligible.

No issue #

7193: Add ex_run_command

6263: Rearrange test suites to share code better.

Merge branch '6638-python-backport-dependencies-wip'

Closes #6638.

6638: Remove C dependencies from our Python SDK.

Now that our backports properly declare their C dependencies, they're
no longer needed here.

6638: Python backports declare all their C dependencies.

See #6638 for discussion about how these dependency lists were
generated.

6263: Add gitolite integration test. Fix existing tests to use bare repos on server side.

Merge branch '6953-docker-image-cleaner' closes #6953

Fix import error for NodeAuthSSHKey refs #6507

6953: Add arvados-docker-cleaner instructions to compute node setup page.

Merge branch '6507-node-manager-azure' closes #6507

Merge branch 'master' into 6507-node-manager-azure

Merge branch '6997-keepstore-mem' refs #6997

6997: Fix fencepost error causing race condition in test.

6997: Add test case for (*UnixVolume)IndexTo().

Doc fix: protect against accidentally pulling in all versions of the
arvados/jobs image in versions of Docker before 1.3.

Cf. https://github.com/docker/docker/commit/82b0c3e59ca12dd87bf2a9d88a63ff66e7d29fb4

closes #7150

6997: Avoid unnecessarily inefficient dirent sorting (and a mismatch between index and store/fetch logic) by doing a custom traversal.

Write "all interfaces, any port" as ":0" (not ":") for compatibility with Go 1.5. refs #6997

6507: Change version number for libcloud fork to 0.18.1.dev1 because local tags create too much trouble.

Merge branch '6859-fix-invalid-manifests' refs #6859

6859: Find locator-like strings even if not space-delimited.

6859: Fix up module usage, mock backtick to test arv-put error handling.

Merge branch '6263-arv-gitolite' refs #6263

6263: gofmt

6263: Update doc.go: mention gitolite-shell.

6859: improve locator parsing to consider any terminating [[:xdigit:]]{32}; improve tests with more invalid locators.

Merge branch 'master' into 6859-fix-invalid-manifests

6507: Filter out "tag_" from create_kwargs.

6507: Use dependency_links to specify custom libcloud package needed for azure support.

6781: Pass tests regardless of whether an admin group exists on the test host. refs #6871

Merge branch '6781-arvados-login-sync' refs #6781

6781: Clarify "logins" vs. "get_all_logins" APIs by moving common code into render_logins_for.

6781: Do not try /get_all_logins (the new /logins route is now 2 years old).

6781: Fix scope for user-sync script in documentation.

6781: Add arvados-login-sync section to shell server install page.

6781: Add test cases and packaging support.

6781: Use env vars instead of yaml config file.

6781: Add arvados-login-sync (was update-shell-accounts.rb)

Merge branch '6940-workbench-centos-install-wip'

Closes #6940, #7053.

6940: Workbench install guide describes using Nginx with Software Collections.

Because Workbench invokes arv-get, it needs this configuration to find
arv-get in the Software Collection root.

6940: Move arvados-workbench-upgrade.sh down in install guide.

The script tries to restart Nginx, so Nginx should be set up first.
No issue #.

6859: add test that creates and salvages a collection with invalid manifest text.

Merge branch 'master' into 6859-fix-invalid-manifests

6859: script does not catch expections during salvaging; instead they are propagated resulting in exit; update tests.

Fix up additional places in keepproxy install docs to use example
"keep$uuid_prefix.your.domain" consistently.  refs #6918

6507: Remove unused imports, move _init_ssh_key() into base, set hostname tag on sync_node(), tweak tests.

Merge branch 'master' into 6859-fix-invalid-manifests

6263: Split git-specific stuff into git_handler.go, add tests for new env vars.

Merge branch '6918-remove-nginx-cors-headers' closes #6918

6918: Further clean up recommended nginx proxy configuration.

6918: Fix server_name in example nginx config.  Remove client_body_buffer_size.

Merge branch '6941-docs-fix-www-data' closes #6941

6941: Add note about needing to fill in correct web server user in places where
www-data was used before.

arv-tag respects more valid ARVADOS_API_HOST_INSECURE values.

This makes it more consistent with other tools, including `arv`
itself.  No issue #.

closes #6640
Merge branch '6640-all-projects-dup'

Merge branch 'master' into 6640-all-projects-dup

Merge branch '6942-improve-compute-node-setup-script'

closes #6942

Merge branch 'master' into 6942-improve-compute-node-setup-script

Some more improvements based on review feedback.

closes #6942

arv-tag authenticates to the API server with OAuth2.

No issue #.

Merge branch '7012-no-docker-install-doc' closes #7012

6918: Update documentation to remove CORS headers from sample nginx
configuration.  Add sample ssl_, proxy_ and client_ settings as well.

closes #7010
Merge branch '7010-git-version'

Merge branch 'master' into 7010-git-version

7010: trimmed version git version note.

7012: Remove Docker install from _config.yml as well.