6967: Fixup to address review comments.

6967: Extend application.default.yml source_version detection.

* Try to get information from Git first, since that will be most
  comprehensive.
* If that fails—whether because Git isn't installed, or because Git
  can't find any information—try to read the git-commit.version file
  provided by our packages.

6967: Remove trailing whitespace in Workbench's application.default.yml.

Merge branch '7225-collection-hang' closes #7225

7225: Better exception handling for unexpected state changes.

7225: Add test to validate fix that 2nd commit call blocks until block is committed
as intended.

7225: Fix typo in _BufferBlock.set_state() that resulted in "wait for pending
block commit" code getting skipped.  Set PUT thread to daemon thread; users
must call save() or flush() or use `with` to guarantee that blocks get written.

7329: Fix infinite loop in Compare when reading an empty file.

refs #7329

Merge branch '7309-git-push-default' closes #7309

7309: Push branches explicitly in tests instead of relying on `git config push.default`

API server limits KeepService changes to admins.

Taking the same security policy that applies to disks and applying
them to services as well.  No issue #.

Merge branch 'pr/24'

Closes #7262.

refs #7015
Merge branch '7015-remove-pipeline-instance-from-recursive-arv-copy-doc'

7015: correct typo in copied template uuid

7015: Update arv-copy user guide to use a pipeline template instead of instance in the examples.
In addition, until 7001 is resolved, do not include pipeline instance as one of the object types that can be copied over.

closes #6260
Merge branch '6260-test-datamanager'

6260: update keepproxy test TestPostWithoutHash to match locator+size+Ahint instead of locator+size only.

Merge branch 'master' into 6260-test-datamanager

Conflicts:
services/keepstore/keepstore.go

refs #7179
Merge branch '7179-generic-volume-tests'

7179: more updates to address golint suggestions around the config parameters such as never-delete, blob-signature-ttl etc.

docker builds are failing for compute nodes.

no issue #

7262: blacklists pbr >= 1.7.0

6260: most golint suggestions are addressed.

6260: so many golint complaints!!

6260: golint suggested updates

Merge branch 'master' into 6260-test-datamanager

Conflicts:
services/keepstore/keepstore.go

closes #7179
Merge branch '7179-generic-volume-tests'

6260: golint suggestions incorporated. Also, the earlier commit log message "no longer need the keep.data-manager-token-file" is incorrect. Keepstore still needs this and this file is still generated during testing.

7179: Most of golint suggested updates are made. Some names such as "never_delete" are left alone.
Also suggestions such as "replace errors.New(fmt.Sprintf(...)) with fmt.Errorf(...)" are ignored.

7179: some more golint suggested updates

7179: several golint suggested updates such as "don't use ALL_CAPS in Go names; use CamelCase".
Now keepstore.go and handlers.go are almost lint free; a few such as blob_signature_ttl are not renamed at this time.

7179: handler_test.go is now lint free according to golint.

7179: Rather than using a DoGenericReadOnlyVolumeTests to test read-only volumes, update each test to either support
both read-only and writable modes, or skip a test if it is indended for the other mode. This helps ensure as many
tests as possible are executed in either case.

7179: A few golint suggested updates. There are still a lot of golint complaints.

7179: add TestUnixVolumeWithGenericTestsSerialized and some more updates.

Merge branch '7179-generic-volume-tests' of git.curoverse.com:arvados into 7179-generic-volume-tests

7179: Tighten Put requirements when overwriting existing data.

Merge branch 'master' into 7179-generic-volume-tests

Merge branch 'wtsi-hgi-fix/7310-git-v2-http-500-error-matches' fixes #7310

7179: add generic volume test; as part of this exercise, moved some "generic" tests from volume_unix_test.go
into volume_generic_test.go so that we do not repeat these in all storage device related testing.

7310: adds git v2 style regex to match http 500 error

6260: Reduced-replication test requires replication>=desired, not replication==len(keepServers).

7179: list out the potential tests

6260: Remove unnecessary Sleep()

Puts pbr 1.7.0 on blacklist for services/dockercleaner

Blacklists pbr version 1.7.0 as it is not working with mock 1.3.0

6260: no longer need the keep.data-manager-token-file

Merge branch '7179-test-mocks' refs #7179

Merge branch 'master' into 7179-test-mocks

Conflicts:
services/keepstore/volume.go
services/keepstore/volume_unix_test.go

7179: Improve comments.

Brown bag typo bugfix.  refs #7031

Catch errors thrown by sync_node() in Azure driver refs #7031.

6260: Fix up /status.json checks.

6260: Simplify verifyBlocks logic.

6260: Remove test for impossible condition.

6260: Fix up error messages.

6260: Remove extra hyphen from command line args.

6260: Just use the token loaded by the SDK (ARVADOS_API_TOKEN),
instead of requiring a token separately on the command line.

7179: Improve description of how races must be handled.

Bump node manager libcloud pin to dev3 refs #7031

Merge branch '7121-fix-deadlock' closes #7121

6260: update datamanager.go to return error than Fatalf in some cases; add additional tests to test those errors raised.

6260: Continue to force never_delete to be true until #6221 is resolved; in the meantime, let it be false during testing.

Merge branch 'master' into 6260-test-datamanager

6260: look for two replicas

7179: Add Volume interface specs.

Merge branch '7193-provision-azure-compute' closes #7193

7193: Tweak example config.

7225: ArvadosFile.flush() commits all underlying blocks.

Fix a typo that caused only the last block to be flushed.
Refs #7225.

7121: Add collisionOrCorrupt->DiskHashError test cases where the mismatched data is in buf1.

7170: Fix Ruby configure switch typo.

--no-install-rdoc should be spelled --disable-install-rdoc.
Refs #7170.

Move arvados-api-server-upgrade.sh down in install guide.

Same rationale as 2a6a3720271a12bc8a47928ade5b2c641514ca44.
No issue #.

7121: Add comment about why buffers must be returned.

6260: break old blocks into used and unused sets to make it easy to understand code and some more updates.

Merge branch 'master' into 6260-test-datamanager

7121: Fixup log messages (remove excess \n, show which volume had a Get() error).

7121: Log all errors (except the everyday "not found") encountered during CompareAndTouch().

7121: Clarify expected behavior of Compare() in Volume interface.

7121: Rename mutex_test.go -> mock_mutex_for_test.go

7121: Update comment to match new argument name.

7121: 7218: Get the serialize lock before opening a file.

In certain error cases (Stat() succeeds but Open() fails) this can
cause a failure to wait behind the serialize lock, but in normal
operation ("success" and "not found") it conserves open file handles
when there's a lot of contention for the serialize lock.

7121: Test mutex usage with a mock instead of time.Sleep.

7179: Start a set of generic volume tests.

7179: Add TestableVolume interface, make UnixVolume tests a bit more reusable.

7121: Return DiskHashError instead of CollisionError from Compare() where appropriate.

7121: Replace Get(loc,true) with CompareAndTouch(). Add Compare method to Volume, UnixVolume, MockVolume.

7121: Add test case to demonstrate deadlock.

Merge branch '6263-gitolite-test' refs #6263

Merge branch 'wtsi-hgi-fix/7205-arv-edit-tty-check'

refs #7205

Update docs to accomodate URL change for the Arvados redmine
installation. It now lives at dev.arvados.org.

refs #7187

6260: add check in datamanager to ensure that the configured datamanager token belongs to an admin user.

7193: Use tags instead of _make_ping_url

Fix switch typo in arv-mount tutorial docs.

No issue #.

7193: Move ex_run_command to post_create_node()

7193: Bump dependency to dev2

7193: Set timestamp on ex_run_command to ensure that the provisioning script runs.

Moves printing of `arv edit` messages out-of-band

Messages regarding update of object after edit are now
printed out-of-band to STDERR rather than to STDOUT
where they might mix with non-interactive "editors"

Removes unnecessary check that stdout is a TTY

Merge branch 'master' into 6260-test-datamanager

6260: TestPutAndGetBlocks is working.