4481: Refresh Crunch script tutorial page.

* The script now normalizes the output path, for consistency with
  other scripts, and it looks nicer.
* Modernize the job log output slightly, and adjust text to match.

4481: Update tutorial Crunch scripts to use newer PySDK methods.

Most focus is on the file Collection file methods added in #3603.

Reset listener=nil before running main() from test cases, so
waitForListener() does not get confused by listener!=nil left over
from previous tests. Fixes intermittent test failures.

refs #3828

4533: Wait up to 10s for "lock tables". refs #4533

Merge branch '4156-no-gemfile-lock-for-gem' refs #4156

4533: Lock all tables, not just the ones with fixtures. refs #4533

Merge branch '4314-trigger-job-update' closes #4314

closes #4559
Merge branch '4559-long-component-names'

4559: missing quote

Merge branch 'master' into 4559-long-component-names

closes #4638
Merge branch '4638-ssh-notification'

Merge branch 'master' into 4638-ssh-notification

4638: update test to reflect link text change.

closes #4638
Merge branch '4638-ssh-notification'

4638: update link text

Merge branch 'master' into 4638-ssh-notification

4465: Link to arvados.org revision history instead of github.com code view.

Also, remove spurious helper inclusions, and fix 'locally modified'
detection (it was broken because "" is truthy).

refs #4465

closes #4525
closes #4694
Merge branch '4525-remove-stale-clippy-code'

4525: when dataclass is Class, return attrvalue similar to the Array case.

4525: delete assets/stylesheets/selection.css

4525: link_to to be used when dataclass is a String or Fixnum

4525: keep link_to in application_helper, which will be used when attr value is a String or Fixnum etc

4525: remove add_form_selection_sources (one more time) and all references.

Merge branch 'master' into 4525-remove-stale-clippy-code

Merge branch '4465-workbench-version-links'

Fixes #4465.

4465: add trailing /? to regexes

Per code review @ #4465-7

4465: test for regex link targets

The goal of this story is that the "report issue" dialog includes links
to a Github or Redmine page corresponding to the software versions for
Workbench and the API server, so the test should ensure not just that
there's a link with a given text, but that its target is a Github page
corresponding to a hexadecimal commit hash.

4465: added api_version_text helper.

Per code review: the source_version returned in the discovery document
may include the string "-modified" if the API server is running from a
locally modified repository.  The api_version_link that we generate for
this version must take that into account.

Touch the "crunch_refresh_trigger" file when the state changes.  This notifies
all crunch-job instances to check the cancelled and state flags, so if a
running job changes state unexpectedly, it will be treated as a cancellation. refs #4314

4533: Fix wrong lock mode. refs #4533

4525: remove select_form_sources function

Merge branch '4525-remove-stale-clippy-code-TC' into 4525-remove-stale-clippy-code

4525: restore add_form_selection_sources function

4525: Call enable_disable_selection_actions once per container to
avoid crosstalk between containers.

Also, separate event binding setup from enable/disable hook, and avoid
binding many copies of the selection dispatch click handler.

Merge branch '4533-lock-tables-first' refs #4533

Update version pin of arvados-cli gem.  refs #3698

4525: add test to verify selection on tab switching.

4533: Lock all tables before deleting contents.

4525: remove stale clippy code

4465: add API/Workbench Github links to help modal

Updated the help modal dialog to use the following links for API version
and Workbench version:

https://github.com/curoverse/arvados/tree/#{api_version}/services/api
https://github.com/curoverse/arvados/tree/#{wb_version}/apps/workbench

Refactored some code into a VersionHelper to simplify testing.

Also updated the Rails.configuration.source_version settings for both
API server and Workbench to strip trailing newlines (which were
screwing up the URLs).

Merge branch '4291-workbench-collection-sharing-button-wip'

Closes #4291, #4676, #4688.

4291: Workbench says explicitly when collection sharing is disabled.

4291: Workbench Collection sharing buttons are actual buttons.

This prevents users from trying to open them in new windows/tabs and
getting a 404 response.

I had to rework the pipeline instance comparison JavaScript because it
was disabling the collection share button on page load.  All that was
really necessary was making sure the event only fires when there
actually is a form#compare, but I did some other cleanup in the
process of learning that.

4676: Collection sharing popup is always JavaScript.

This fixes an issue where the response would sometimes be sent with
Content-Type: text/html.  We thought it might be a race condition with
AJAX, but the browser was sending a correct Accept: header.

4291: Add Workbench controller tests for collection sharing.

I wrote these while diagnosing another problem.

4291: Workbench uses .prop() to set element disabled property.

Per <http://api.jquery.com/prop/>: "The .prop() method should be used
to set disabled and checked instead of the .attr() method."

4291: Clean up HTTP methods in Workbench URL generators.

According to the docs at
<http://api.rubyonrails.org/files/actionview/lib/action_view/helpers/url_helper_rb.html>:

* `button_to` and `form_for` take :method as a symbol.
* `link_to` takes :method as a symbol, and only supports :delete,
  :post, :patch, and :put.  Any link that should be done with GET
  should not have a method specified.
* Note that `form_tag` *does* take a string, so not every method
  should be symbolized.

Merge branch '4705-fuse-collections-from-keep-wip'

Closes #4705, #4708.

4705: FUSE driver can read Collections that only exist in Keep.

4705: Fix FUSE exception logging.

logger.exception() doesn't take the exception as an argument, it takes
a message like all the other logger methods.  It gets the exception
information from sys.exc_info().

4705: Refactor mount creation in FUSE tests.

4705: Add CollectionReader.api_response() to PySDK.

The FUSE driver wants this information.

Docker: passenger only needs to support ruby, so specify that explicity
when building the apache module.

No issue #

4533: use "extend" when calling module methods from class methods. refs #4533

Seems to matter only in production: config.cache_classes?

Merge branch '4591-websockets-raise-oom-wip'

Closes #4591, #4701.

4591: Websockets server fetches fewer logs at a time.

Most of the out of memory errors we're seeing happen in the PostgreSQL
driver, which runs out of space to store results.  Because Log records
are relatively large (holding two other records as JSON text),
fetching fewer in a batch should noticeably improve memory use.  I
don't expect this to end the crashing, though—it seems like the
Websockets server grows large for a variety of reasons.  Hopefully
this change will help make some of the others clearer.

4591: Avoid capturing critical exceptions in Websockets server.

Based on the current logs, the troubles we're currently hitting in
Websockets happen in push_events, where all the database work
happens.  These exceptions wrap PostgreSQL driver errors; they inherit
from StandardError, so they're being caught by the rescue block.
This commit re-raises those exceptions, which will cause the server to
crash (and presumably be restarted by a supervisor like runit).

We do sometimes see NoMemoryError, but the block to catch is in
ineffective because it usually manifests earlier in on_connect, when
the connection is first made.  In this case, Ruby's default exception
handling provides the behavior we want, so just remove the block.

In keeping with the theme of improved exception handling, I tightened
up the bad request detection.

Merge branch '4621-crunch-memory-usage'

Refs #4621.

4621: undo lean_uri_escape changes

closes #4645
Merge branch '4645-log-in-graph'

4621: drop unused variable $output_in_keep

4621: code review feedback

Removed @jobstep == 1 optimization (no longer appropriate now that we
expect this function to always return the hash of a collection).

Clarified error message for timeout errors.

4621: collate_output pipes to python

Rewrote collate_output as create_output_collection, writing its output
data to a Python subprocess that invokes
arvados.api().collections().create().  Writing very large collection
manifests in-process makes Arvados.pm consume inordinate amounts of
memory.

Refs #4621.

4645: log files in provenance graph can be clicked.

4156: Remove Gemfile.lock because this is a gem, not an application.

4699: Fix crash when collection has tags but no name. closes #4699

Fix syntax error in workbench diagnostics_test_helper.rb

No issue #

4638: trailing white space

4638: update ssh notification link to point to manage account page.

Merge branch 'master' into 4559-long-component-names

4559: wrap long component name

4533: Pass CORS test when no omniauth provider is configured. refs #4533

closes #4487
closes #4558
Merge branch '4487-and-4558'

Merge branch 'master' into 4487-and-4558

4487: updates from review feedback

Merge branch '3781-browser-friendly-servers' refs #3781

Merge branch 'master' into 4487-and-4558

closes #4644
Merge branch '4644-collection-file-filtering'

Merge branch 'master' into 4644-collection-file-filtering

4644: do not add filterable to directories

4487: Omit "Remove selected" selection option when the current user cannot write to the project.
4558: Remove ellipsis from Selection dropdown name.

Merge branch '4533-remote-reset' closes #4533

Conflicts:
apps/workbench/Gemfile.lock

4533: Consolidate database-reset tests. Fix up ensure/reload_routes! blocks.

4644: fix div end tag placement and add filterable to directories as well.

4533: Remove config flag from default section, too.

Merge branch '4501-fuse-by-id-subdirectory-wip'

Closes #4501, #4675.

4501: FUSE exposes by_id subdirectory when run with --by-id.

This makes it possible for people to develop code against their own
normal Keep mount, and then have it work as expected in Crunch (which
uses --by-id for backward compatibility).

I considered adding a second inode for by_id that pointed to the same
underlying MagicDirectory instance.  Unfortunately, the current
implementation would make it difficult to avoid exposing infinitely
recursing by_id subdirectories, and that seemed like a bigger problem
than the relatively small overhead of having two MagicDirectory
instances.  (The Keep client will use comparatively more RAM, and it
will use the same block cache for both directories, which should keep
it relatively under control.)

4501: Restore FUSE FuseTagsUpdateTest.

This test hasn't been running in a while because it defined
runRealTest rather than runTest.  The old code predates Collection
UUIDs, so it had to be updated to deal with those.

Merge branch '4595-node-list-select' closes #4681

Fix typos in documentation.

This closes #4518

4595: Merge branch 'master' into 4595-node-list-select

4595: Fix nodes.list?select=[...] crash when is_admin. Also, do not ignore where/limit/order.

Merge branch '4233-graph-job-stats' closes #4233

4233: websocket test of log charting should look at the right datapoint

4533: Replace enable_remote_reset config knob with check for existence of non-fixture users.

4533: Move all controller tests into controllers/, merge overlapping class defs.

4533: Skip one-fixture-reset-per-test in a few test classes.

4533: Disable database-reset for all diagnostics test classes.

4533: Move "database reset does not break basic operations" into its own test.

4533: Reset fixtures after each test case by default.