Improve API server's git rev-list calls.

This doesn't completely silence errors, but it makes them less verbose
and prevents git from trying to look up paths, which we never want.

3195: Improve error handling in Job creation API.

* Express the default filters using high-level operators, then convert
  them to SQL filters using the same conversion logic users get.

* Raise an ArgumentError when a git version search fails.

* Render normal error pages from ArgumentErrors.

refs #2380 Needed to updated all docs referencing to SSH documentation.
Merge branch '2380-ssh-doc'

2380: ssh doc references are updated to point to the right env.

closes #2380
Merge branch '2380-ssh-doc'

Merge branch 'master' into 2380-ssh-doc

Merge branch '3206-keepproxy-use-client-token' closes #3206

Merge branch '3078-arv-put-name-links'

Closes #3078, #3176, #3205.

3176: Fix arv-put's resume cache writing.

Refactoring directory creation into _util accidentally broke this:
arv-put was trying to save the cache to a relatively directory that
almost never existed, and then silently ignored the error.

3078: Add arv-put options to add the upload to a Project.

3078: arv-put supports dynamic stderr.

3078: arv-put always writes progress before starting work.

It previously did this when resuming, but there's no reason we
shouldn't do it when starting fresh as well.

Merge branch 'master' into 2380-ssh-doc

2380: update the add key image and text

Keepproxy use client-supplied token when forwarding GET and PUT requests.

2380: more updates

2380: Extract common documentation items from Unix and Windows environments into include files.

missing paren typo in arvados-bcbio-nextgen.py.  refs #2991

bc-bio script links gemini reference data.  refs #2991

3204: Remove redundant pull-right from Workbench Collections search.

content_for :tab_line_buttons is already wrapped in a div.pull-right.
Doing that a second time forces the contents into an overly-small
box.

Closes #3204.

refs #3140
Revert back the UI to display only one tab instead of 5 content tabs since it is not working when accessing a project with large amounts of data.
Merge branch '3140-undo-project-content-tabs'

3140: revert multiple content tabs work

add 'import sys' to arvados-bcbio-nextgen.  no issue #

Don't use "arv" command wrapper, call arv-get/arv-put directly.  Avoids
dependency on arvados-cli gem being properly configured on compute node.
no issue #

2380: one more update

Update arvados-cli dependency to correct deployed version. no issue #

Merge branch '3123-pipeline-report-job-submit-errors' closes #3123

Google API client jsonifies the body, so we don't have to.

2380: rename ssh-access.html.textile.liquid as ssh-access-unix.html.textile.liquid

2380: minor updates

Update package version dependencies on arvados-cli to use commit:7bd2ee2

2380: more updates and also correct the link to unix page from within the windows page

arv-run-pipeline-instance sends error message to logs table when job submission
fails.  Pipeline instance view in workbench now shows messages for the pipeline
instance (in addition to the jobs) and shows messages when the pipeline is
failed (not only when it is running.)

Merge branch 'master' into 2380-ssh-doc

closes #3140
Merge branch '3140-project-content-tabs'

crunch-dispatch: make sure to update the info['slurm_state'] for the
correct node, not just the first one that happens to have a matching
hostname in our database.

no issue #

Merge branch 'master' into 3140-project-content-tabs

Merge branch 'master' into 3140-project-content-tabs

Merge branch 'master' into 2380-ssh-doc

2380: more doc updates

2380: minor doc updates

Don't render selection check boxes when using show_file partials from chooser
modal.  closes #3103.

2380: minor doc updates

Consider script_parameters in determining whether to merge script boxes in
pipeline graph drawing.  Also tweaks behavior generating label for
script_parameter boxes to be more compact.  closes #3100

2380: ssh to SSH where applicable

Merge branch 'master' into 2380-ssh-doc

Default arvados-bcbio-nextgen pipeline to use freebayes instead of gatk.  no issue #

arvados-bcbio-nextgen writes output now.  Put write_directory_tree under the
try/except block in run-command.  Tweaked return code output.  no issue #

Bugfix os.environ() -> os.environ[] no issue #

Merge branch 'bcbio-nextgen' refs #2991

Add -n cores to run bcbio in parallel on a multicore node.

Add $(node.cores) substitution to run-program, and add CRUNCH_NODE_SLOTS to
environment passed to docker jobs. no issue #

run-command retry after exception when writing output to keep.  no issue #

Doc: fix link to pipeline instances page in workbench.

no issue #

Merge branch '3185-job-invalid-without-errors' refs #3185

3185: Fix job validation failure with no errors given.

* Do not fail docker validation if runtime_constraints==nil.

* Reposition "check docker image" and "check script version" as
  validations, rather than before_validation and before_create/update
  filters respectively.

* Use valid values for the non-docker attributes in docker test cases.

* Add tests to ensure job validation failures provide error messages.

Move test/functional/arvados/v1/git_setup.rb to
test/helpers/git_test_helper.rb and fix bugs:

* Use "setup do" form instead of "def setup" to avoid clobbering other
  setup tasks

* Restore git_repositories_dir to its original value during teardown,
  to avoid polluting other tests

Update api server Gemfile dependency on arvados-cli package so crunch-dispatch
uses commit:b7de0ac no issue #

Merge branch '2991-job-docker-images' refs #2991

Merge branch '2342-run-command-wrapper' refs #2342

Merge branch '3141-keep-logging-improvements'

This closes #3141

keep: MockVolume should return os.ErrNotExist instead of errors.New("not
found") when a block can not be found, just like a real volume.

Revert "Do not print an error when hitting 'not found' with a the MockVolume"

This reverts commit 97c9b2b49f94735c6d4d5b62b772089ef7e0e3bf.

Better solution in the next commit.

Update api server Gemfile dependency on arvados-cli package so crunch-dispatch uses commit:66efe78 no issue #

Merge branch 'master' into 3141-keep-logging-improvements

Don't send null job creation parameters in arv-run-pipeline-instance.  no issue #

Don't raise exception if filters parameter parses to
json "null".  no issue #

Don't set "too long" flag on websocket test timer if the websocket is already
closed.  Hopefully this will make the tests more robust.  no issue #

Merge branch 'master' into 3140-project-content-tabs

3140: add partials for all the content tabs

oops

Update api server Gemfile dependency on arvados-cli package so crunch-dispatch
uses commit:ee99af1
no issue #

Added note about how to build bcbio-nextgen docker image.  Make
bcbio-nextgen-image depend on bcbio-nextgen/Dockerfile.

Merge branch 'master' into 3140-project-content-tabs

refs #3055
Merge branch '3055-advanced-tab-explanations'

Merge branch 'master' into 3055-advanced-tab-explanations

Merge branch 'master' into 3055-advanced-tab-explanations

job create method parameters need to be converted to json before being passed
to google API client.  no issue #

3140: add Other_objects to pane list

Do not blow up trying to run a job if runtime_constraints is set to nil

no issue #

Add some more detail to the docker installation page.

refs #3131

Merge branch '3174-arv-ls-size-fencepost' closes #3174

Merge branch '2873-permission-links-ownership'

Closes #2873. Huzzah!

Merge branch '2985-shared-projects-descriptions'

Refs #2985, closes #3083, closes #3158.

Update arvados-cli dependency of API server so crunch-dispatch.rb uses
arv-run-pipeline-instance from commit:c806ef1
no issue #

3174: Round up, not down, when reporting file sizes in KB.

3174: Heed "common" section of config yaml the same way apiserver does.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into job-docker-images

docker: mkimage-debootstrap.sh: wrap which calls that are expected to
fail in a set +e/set -e block

no issue #

"filters" is now propagated through from pipeline component to the job
submission.  Also added example filter to documentation.  no issue #

Docker job's $HOME is now inside docker container, we don't need a special
separate $HOME for arv-mount.

3140: add additional content tabs to pane list

3140: Move tab line buttons, remove show filtering widget

2873: more code review changes

* get_permissions sets @offset and @limit explicitly to ensure that
  render_list does the right thing.

* Tests updated to use permission links on Groups (permissions are not
  yet working for other objects)

* Added tests for "uuid exists but is unreadable" and "uuid is readable
  but not manageable"

Refs #2873.

fix bwa_index

Backed that out, make a symlink to tool-data instead

tool-data in work

fix sub R1 R2

refer template directly

write template

open for writing