Merge branch 'master' into 2492-docker-crunch-jobs

crunch: `docker.io pull` can't take a hash.

Refs #2942.  Like I said in my recent comments there, this pull
functionality is a bit of a stopgap.  I could make this more robust
by, e.g., checking ahead of time that the hash image is already
installed on all nodes, but I expect that work will be completely
replaced when we integrate Docker and Keep.

Refuse to run rake tasks without "bundle exec".

Otherwise you can accidentally load (or dump) schemas without having
the pg_power gem loaded, which will leave you with incorrect indexes
in your database (or schema.rb).

Fix crash creating new user during initial login. Add test.

Add wait_for_ajax after using x-editable in tests.

Fix dead links

Merge branch '2733-coverage-report'

closes #2733

Fix copy/paste error in gem build instructions.

Remove Gemfile.lock from repo

see http://yehudakatz.com/2010/12/16/clarifying-the-roles-of-the-gemspec-and-gemfile/

Remove stray debug puts.

Merge branch '1970-folder-view'

closes #1970

Merge branch 'master' into 1970-folder-view

Add find?() method so "assert find?(...), msg" can be used in test cases.

Replace unfailable assert() with a comment explaining what it means
for find() to raise an exception.

crunch-job: Ignore empty docker_image constraint.

docker: Don't set up FUSE inside arvados/jobs.

Now that we expect crunch-job to expose the Keep mount to containers
as a volume, there's no general need to make FUSE mounts from inside
the container.  This commit removes that setup from the image, which
makse the build process a lot less hairy.

Merge branch 'master' into 2492-docker-crunch-jobs

Fix so that a present but empty select parameter in queries no longer yields
an error.

Remove duplicate ERROR_ACTIONS constant from merge.

Ensure edited description really gets saved.

Use send(symbol) instead of send(string).

Change icon for virtual machines nav.

Remove confusing return value.

Merge branch '2640-folder-api' into 1970-folder-view

Conflicts:
apps/workbench/app/controllers/application_controller.rb
services/api/app/controllers/application_controller.rb

Move contents action to GroupsController.

Fix broken test case.

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados

Documentation tweaks:
* Python SDK requires Python 2.7, make that clear up front
* Remove duplicated SDK installation instructions

Merge branch '2640-folder-api'

Merge branch 'master' into 2640-folder-api

Conflicts:
apps/workbench/app/models/arvados_api_client.rb

Raise PermissionDeniedError even more consistently

Merge branch '2640-folder-api' into 1970-folder-view

Raise PermissionDeniedError more consistently

Comment mysterious testing code.

Add test for links_for + multiple link_classes.

Merge branch '1904-workbench-reader-tokens'

Refs #1904.  Closes #2663, #2736.

workbench: Reader tokens show collection files.

Fundamentally, this commit aims to support reader tokens when showing
a file from a Collection.  Because this requires changing the token
handling generally, I also took this opportunity to improve error
reporting by checking the request's validity against the API server
before we pipe out to arv-get to render the file.

As a consequence, Workbench now returns a 404 if you request a file
using a token that does not have permission to read the collection.
Maybe this is not the best result, but previously it returned a 422,
so I think this counts as an improvement.

workbench: Add initial reader tokens support.

The API server recently gained support for reader tokens, which
optionally supplement the user's permissions for read-only
operations.  This commit extends Workbench to pass on reader tokens
for general index and show operations.

workbench: Add Collections controller tests.

Working to establish a baseline of behavior before I go mucking with
this.

workbench: Remove trailing whitespace.

Merge branch '2328-keep-permission-hints'

Resolve code review (closes #2328)

Fix doc comments and argument names for the expiry timestamp arguments
for SignLocator and makePermSignature.

Add simplecov-rcov.

doc: Document docker_image constraint for Jobs.

Merge branch 'master' into 2492-docker-crunch-jobs

Fix ajax->refresh race condition in test case.

Fix tests, make model.editable? work for new records.

Behave nicer if supplied owner_uuid is not a valid uuid at all.

Edit objects after creating them with x-editable.

Implement simple client-side folder contents search.

Implement "remove from folder"

Name new folders "New folder", fix crash if folder name is nil

Update name in breadcrumb after editing elsewhere on page.

Merge branch '2640-folder-api' into 1970-folder-view

Omit locally configurable files and testing code from coverage report

Skip simplecov if gem fails to load or NO_COVERAGE_TEST env is set.

Do not try to record object_owner_uuid during earlier migrations.

Merge branch 'master' into 2640-folder-api

Fix crashing "grant access to my own object" permission check.

Prevent ownership cycles.

Generate test coverage reports with SimpleCov.

Merge branch '2640-folder-api' into 1970-folder-view

Improve code formatting

Return all links if link_class is not provided. Add docs.

Return empty list if no "links" supplied in api response. Add tests.

Incorporating code review. (refs #2328)

arv-mount: Add --allow-other option.

We need this to support running job tasks in Docker containers.  We
rely on the allow_other mount option to make the Keep mount available
to the container.

crunch-job: Manually configure containers' DNS.

All the compute nodes run dnsmasq to enable friendly names for
different hosts on the private Arvados network.  Crunch jobs will need
to talk to that DNS server to reach, e.g., the local Keep servers.
This makes that happen.

Merge branch '2223-repo-owner-admin-perms'

closes #2223

Add "remove item from folder" buttons

Add writable_by to Group API response.

Merge branch 'query-select-distinct'

Restored support for old-style 'order' strings and added test.  Clarified
documentation for 'distinct' as to the default behavior.

Fixed botched 'distinct' parameter, now is a boolean instead of taking a
column.  New tests.  Also changed syntax of 'order' to take a JSON array for
consistency with 'filters' and 'select'.

Update docs. (refs #2328)

Added permission helper functions.

GeneratePerms returns a string representing the signed permission hint
for the blob identified by blob_hash, api_token and timestamp.

SignLocator takes a blob_locator, an api_token and a timestamp, and
returns a signed locator string.

VerifySignature returns true if the signature on the signed_locator can
be verified using the given api_token.

Refs #2328.

Unify button styles.

Add shadow to left nav.

Take into account owner_uuid and is_admin when exporting repository permissions.

Merge branch 'master' into 2492-docker-crunch-jobs

crunch-job: Install Docker images on demand.

Fix name_for method name.

Fix crash if item has no name (backported from 1970-folder-view)

Fix for interaction between 'select' and 'order' (SQL requires that order
fields show up in select when doing select distinct; readable_by does 'select distinct' by default to avoid duplicate rows).

Use class_for_display more.

Add folder list to left nav.

Merge branch '2640-folder-api' into 1970-folder-view

Add "Copy selections to current folder" button to selection drop-down.

Name links do not need to be owned by tail_uuid.

Merge branch '2640-folder-api' into 1970-folder-view

Add unique and valid name constraints.

Fix wrong infixes in fixture uuids.

Merge branch 'master' into 2640-folder-api

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into 2035-arv-mount-tags-folders

Conflicts:
services/api/app/controllers/application_controller.rb

Added 'select' and 'distinct' parameters to discovery document.  Improved
select parameter to parse strings as json.

Use partial unique index for name links.

Fix log permission case broken in merge.

Merge branch 'master' into 2640-folder-api

Conflicts:
services/api/app/controllers/application_controller.rb
services/api/app/models/arvados_model.rb

Merge branch 'master' of git.clinicalfuture.com:arvados

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

Another go at migration, uses batched loading and transactions, should have
improved performance.