23064: Start contrib directory

The goal of this directory is to help users better understand what
components are "core" Arvados vs. additional tools and to give us a
place to start building more of the latter.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22817: Remove Java SDK Docker test scripts

These were used by previous Jenkins configuration. Our current nodes are
sure to have Gradle, so we have eliminated the need for this indirection.
Closes #22817.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '19378-test-fix'

closes #19378

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

19378: fixed collection test that was overwritten in merge

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '19378-folder-upload'

closes #19378

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

19378: added unit test for getMinNecessaryPaths

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

19378: updated createDirectory unit test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

19378: added empty path check in uploadFiles

* Now d&d works if both file and folder are dropped

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

19378: Added warning that empty folders will be ignored in upload

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

19378: all dirs now created with a single call

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

19378:  fixed getMinNecessaryPaths

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

19378: creating multiple folders in one update now only bumps the version by one

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

23044: Add external service container port routing to handler

This is an initial pass to address the bug in refs #23044.
This might not be the right solution, but it seems to at least get
things functioning, and it's self-contained so it's easy to replace
later as desired.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '23041-fuse3'

Closes #23041, #23042.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

23041: Refine Ansible's strategy for installing FUSE

`/etc/fuse.conf` could be provided by either `fuse` or `fuse3`. If it
already exists, don't install a package, to avoid messing with the
administrator's selections. If it doesn't, install `fuse3` to get the
most modern version. All of our supported distributions have this except
maybe Ubuntu 20.04, where we're not going to run the Ansible installer
anyway.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

23033: Remove fuse dependency from arvados-client

The arv-mount dependency notes it is there because arv-mount can
sometimes call FUSE command line tools. As best I can tell, this is not
true for arvados-client. Declaring the library dependency is more
accurate. Refs #23033.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

23033: Add libfuse2 dependency to arvados-client

This is basically commit 9a68b3ef3bcfae2c8d064b573230870bfad1d19b
with the same rationale, just applied to arvados-client instead of
arv-mount. Refs #23033.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '22945-ansible-secrets-nolog'. Closes #22945

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

Merge branch '22866-single-node-ansible'

Closes #22866, #22879.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22945: Adds remaining 'no_log: yes' to playbook tasks handling secrets

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

22945: Adds 'no_log: yes' to roles' tasks that handle passwords/tokens.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

22866: Prefer `sudo arvados-client sudo diagnostics`

Thanks Lucas.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22866: Document single-node install with Ansible

This is tested and we expect this will be easier for most people to
deploy.

Part of what's changing here is the documentation page does not have a
bunch of forks for different options. Instead it prioritizes getting the
simplest possible install working with minimum fuss. I think this is
what most people installing with this option want. The provided
configuration templates give pointers for ways you might change the
configuration in more advanced ways.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22866: Remove unused documentation page

`git grep salt-vagrant` says nothing links to this.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22866: Update Ansible install documentation

* Document the more modern install method.
* Explain more of the surrounding steps, not just the install.
* Put this in an include to reuse later.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22866: Touch up example cluster config

* Use `xurid` ("your id") instead of the test cluster id `zzzzz`.
* Clarify that the cluster identifier must be lowercase.
* Correct the documentation for nginx internal networks.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22866: Start Ansible examples directory

To try to clarify what's template documentation vs. supporting files.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Update stale runtime_constraints.cuda reference

No issue #.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '23027-ansible-service-ports'

Refs #23027.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

23027: Validate port range for nginx core configuration

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

23027: Improve nginx includes filename

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

23027: Configure nginx for external container service ports

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

23027: Clarify context of "base" configuration

It's not really "base" since it's included in an `http` context.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '22859-clear-site-data'

refs #22859

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22859: Move most of maybeRedirect into a separate func.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22859: Call the cookie store cookies.txt instead of *.jar.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22859: Merge branch 'main' into 22859-clear-site-data

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

19378: fixed isAnyNested null path case

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

19378: added test for nested folder upload

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22859: Fix crash when ContainerWebServices is nil (in tests).

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '22703-default-no-mail'

refs #22703

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22859: Clear client-side state when reusing a dynamic port.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '23013-update-google-login-documentation'

Refs #23013.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

23013: Copyedit discussion of the Workbench origin

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '21362-rocky9-packaging'

Refs #21362.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21362: Add upgrade note about new RHEL gpgkey URL

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '22793-unify-tab-view'

closes #22793

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch 'main' into 22793-unify-tab-view

refs #22793

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22793: style fixes:

* fixed command tab content height
* removed unused styles

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

23013: Minor rewording for clarity.

Move the negation ("not") much closer to the substantive verb ("is
allowed") in a long sentence, to avoid giving a false impression of the
opposite meaning upon a partial read.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Zoë Ma <zoe.ma@curii.com>

23013: Update documentation about Google login setup.

- Clarify the difference between the "JavaScript origin" and "Redirect
  URI" settings.
- Update terminology to match current UI of Google Developer Console.
- Minor cleanup (e.g. use full path to Arvados config file).

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Zoë Ma <zoe.ma@curii.com>

22793: adjiusted max description height

* Stops one line decriptions changing height on toggle

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22830: Write default controller MaxRequestSize in Ansible

In general, we should do #22830. But right now this is the only thing
that Ansible reads from the API section, so we can get a big usability
win for single-node installs by just duplicating the default here for now.
Refs #22830.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

21362: Update RHEL documentation with new key path

This lets us use different keys for different versions. The old path
still works, and I've made sure the new path works for all currently
supported releases.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19378: fixed error where createDirectory is called unnecessarily

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

19378: refactored cy.upload() to account for new ondrop behavior

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '22972-salt-installer-pgdg-keyring'

closes #22972

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

22972: Updates postgres-formula commit to the merge commit.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

22859: Use pointer for router config so tests can change on the fly.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

19378: updated collection-service test

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

23007: Fix one more expected test output for ruamel.yaml 0.18.13+

Same rationale and basic change as the last commit. Refs #23007.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

23007: Fix more expected test output for ruamel.yaml 0.18.13+

Same rationale and basic change as the last commit. Note we're always
changing the expected value of a run step in a container.
Refs #23007.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

23007: Fix expected test output for ruamel.yaml 0.18.13+

This release changed the wrapping of its output, which goes into a Keep
block, which goes into a manifest, which the CWL tests expect to match
an exact PDH. We might want to do something more sophisticated here but
this should get the Jenkins tests passing again for now.
Refs #23007.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19378:: added some error handling

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

19389: moved dropZone onDrop to parent to prevent misclick default behavior

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22965: Update default CI_REF

After reconfiguring a bunch of Jenkins jobs, it became clear that this
is a better default. We can consistently use the `ci-build` ref name to
point to the commit we want to build from that remote, for all remotes.
Refs #22965.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

19378: fixed overflow

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

19378: auto-create nested dirs works

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22972: Restores using upstream PG versions, uses fixed formula

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

22704: Revert removing db:seed from db:schema:load case.

refs #22704
refs #23004

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22703: Enable email notifications before testing them.

...now that they are disabled by default.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22965: Streamline RAILS_PACKAGE_ITERATION declaration

In particular this lets you source run-library.sh in a script using
`set -u`. Refs #22965.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '22965-arvados-dev-move'

Refs #22965.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '22998-gem-fetch-fixes'

Mostly reverts c3210c645eefda4a1f67c0aa01cb37b12b3eab1c to restore
Ruby 2.7 compatibility. Refs #22998.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22998: Pin nokogiri for Ruby 2.7 compatibility

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22998: Fetch gems in parallel

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22703: Change default SendUserSetupNotificationEmail: false.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22703: Clarify how we expect config.default.yml to be used.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '22704-db-load-and-seed'

fixes #22704

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22704: Run db:seed after db:migrate.

This way db:seed can safely assume the schema is up-to-date.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

19378: switched to separate file and folder upload buttons

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22704: Ensure db:seed succeeds before running db:migrate.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '22978-dependabot-2' into main. Closes #22978

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

Merge branch '22985-zip-via-query'

closes #22985

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22978: Bump caniuse-lite while I'm at it

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22978: Bump brace-expansion to address CVE-2025-5889

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Stephen Smith <stephen@curii.com>

22985: Trigger zip download using ?accept=...

...as alternative to "Accept: ..." header.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

19378: removed react-dropzone, re-implemented with html

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

Merge branch '22859-service-port-range'

refs #22859

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22859: Change example port range for readability.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22965: Update source for upload scripts

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22965: Remove perl dependency

So we don't have to rely on having it in small Docker containers, etc.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

22965: Explain why we use origin/main

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '22970-go124'

closes #22970

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22970: Update Go version in ansible installer.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22859: More specific recommendations for Nginx configs.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '22974-rails-dependency-upgrades'. Closes #22974

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

22974: Override Rack::QueryParser default request size limit.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

22793: more flakiness ironing

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>

22793: added not found display to overview panel

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lisa Knox <lisa.knox@curii.com>