20561: Don't fail when inspecting a file outside the output directory

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20561: crunch-run logs files/directories propagated from keep

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Add 2.6.2 to the upgrading notes refs #20393

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '20529-container-deadlocks' refs #20529

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '20527-group-contents-select-doc'

Closes #20527.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20529: Lock direct parent containers on updates

This is because cost is propagated up to the parent container on
container completion.

Handle case of resource attrs at top level when deciding whether to
lock or not (resource attrs appear as strings, not symbols)

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '20482-installer-improvements'. Closes #20482

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: For some reason, symlinks don't seem to be ignored for copyright checks.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Updates the upgrade notice to include the DOMAIN envvar at local.params.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Updates installer's documentation to reflect latest changes.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Code cleanup for readability.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Re-exports VPC's CIDR.

Previously exported as 'vpc_cidr' and removed when preexisting vpc usage
was added. This config data is used on local.params and was mentioned on the
documentation page.
Now, it's exported as 'cluster_int_cidr' and its value is requested from AWS
so that we get the correct one whether the vpc was just created or a
previously existing one is being in use.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Overrides shellinabox config templates to fix the domain name usage.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Allows the cluster operator to use an arbitrary domain.

Instead of making domains like cluster_prefix.domain mandatory, let the site
admin to select whichever domain they need for the deployment.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20527: Document the select argument of the groups contents API method

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '12684-pysdk-auto-retry'

Closes #12684.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

12684: Test that plain 403 responses are not retried

Requested in review.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

12684: Stop retrying 422 responses in PySDK

The original motivation for this was to retry when the API server was
having database connectivity problems. The feeling eight years later is
that things have changed enough that, on balance, this isn't worth
retrying anymore.

I don't think this will have any real impact on current Arvados
software. In the main branch as I write this,
`check_http_response_status` only gets called in five places. Three of
those are in the main `arvados` module for job and task utilities, which
presumably nobody is using anymore. The other two talk to Keep, which
only returns 422 for hash mismatches, where a retry will definitely
never succeed.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '20457-queue-churn'

refs #20457
refs #20511

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '20482-further-terraform-improvements'. Refs #20482

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

Merge branch '20325-go-docker-distribution-upgrade2'. Refs #20325

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20325: Upgrades github.com/docker/distribution module.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20457: Don't displace locked containers with queued containers.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20482: Makes installer.sh compatible with older (Ubuntu 18.04) git versions.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Don't create S3 endpoint if using a preexisting VPC.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Fixes formatting.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

Refine PySDK collection walk recipe

Use PurePosixPath to clarify that we're strictly doing path manipulation.
(It will also behave better on Windows, although I'm not sure if the SDK
itself is Windows-ready yet.)

Keep Path objects in the queue to reduce local state.

No issue #

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '20482-terraform-custom-configs'. Closes #20482

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Improves upgrade note's title.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Improves file/dir creation on user_data script.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Adds upgrade notes on domain_name variable changes.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Pins terraform and AWS provider versions.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Allows the site admin to specify instance volume sizes per node.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Improves readability of instance profile assignment code.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Allows setting instance types per service node.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Fixes PassRole's target to point to the newly created compute node role.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Sets output as sensitive to make Terraform happy.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Adds proper compute node instance profile instead of using keepstore's.

We first used keepstore's instance profile because compute nodes run a local
keepstore now.
We also need to give compute nodes permission to change resources related to
the EBS Autoscaler.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Extracts DNS aliases map as configurable variables.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Extracts the private IP addr map as configurable variables.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Allows the site admin to customize tags applied to every resource.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Allows the site admin to specify a custom AMI for the nodes.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Allows the admin to specify the user for deployment.

Also, removes the need to use AWS key pairs, by directly storing the SSH
pubkey in the user's ~/.ssh/ directory via the user-data script.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

Merge branch '20325-jquery-rails-upgrade'. Refs #20325

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20325: Upgrades jquery-rails and dependencies on RailsAPI & Workbench1.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Allows deploying on known VPC & subnets.

Instead of creating everything new, the admin now has the option to deploy
the resources on preexisting networks.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Fixes use of var domain_name, it's now used for the Route53 zone.

Also, updates documentation including the new private_only var.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Allow the site admin to create a non-public Arvados cluster.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20482: Fixes S3 bucket creation for Keep blocks due to changes in AWS defaults.

ACLs are now not accepted on newly created S3 buckets, and by default they're
set as private, so there's no need for us to explicitly asking for that.

See: https://aws.amazon.com/about-aws/whats-new/2022/12/amazon-s3-automatically-enable-block-public-access-disable-access-control-lists-buckets-april-2023/

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

Merge branch '20489-iam-policy-fix'. Closes #20489

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

12684: Use mock services in arvfile sparse write tests

Without these mocks, Jenkins seems to spend a lot of time retrying
requests—although weirdly, I don't see that in my own development
environment.

I believe the mocks were always intended to be used, since they're
instantiated and already used in other sparse write tests. To me this
looks like an oversight when the previous tests were adapted to write
new collections.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20489: Fixes privileges escalation issue on installer's terraform code.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

12684/20425: Skip TestContainerInputOnDifferentCluster

See comments for rationale.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '20457-max-supervisors-overquota'

refs #20457

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '20468-installer-perf-knobs'. Closes #20468

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

Merge branch '20470-contents-select' refs #20470

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '20457-max-supervisors-overquota' refs #20457

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Check /metrics & /_inspect/requests are available during busy times.

refs #20474

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

12684: Check for no log case in controller integration tests

Without this guard, tests fail with a message "API endpoint not found,"
which sounds scary and makes you think you broke all of Arvados until
you see the test code is just looking up a collection with an empty
UUID.

And by "you," I mean me.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '20472-priority-update' refs #20472

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20470: select_for_klass checks for bogus prefixed fields

Update comments

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

12684: PySDK client retries specific 4xx errors

The rationale for retrying these codes is the same as for retrying them
in the retry module.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

12684: Support num_retries in PySDK client constructors

This lets users set their preferred retry strategy once, rather than in
every call to execute(), which is error-prone. The default num_retries
is 10 because we expect most users to care more about eventual success
than responsiveness. See the added release notes for further discussion
and rationale.

Changes to the rest of the code are mostly about supporting this
consistently. Tests that relied on the old no-default-num_retries
behavior now specify that explicitly.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

20470: Fix discovery document generation to drop unpublished fields

Now uses the list of API published fields (selectable_attributes) to
generate discovery doc, this causes some obsolete and nonpublic fields
to disappear from the discovery doc (but actually they were never part
of the public API in the first place).

The immediate reason to do this is because workbench 1 was using the
discovery document to craft a list of fields to select, but the
changes to the way select work in this branch means that asking for
unpublished fields now throws an error.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

12684: Remove custom retry logic from PySDK

This logic traces its roots back to
`5722c604c6f5dc1553674d179ec016ec12e2b090`. The goal of that commit was to
work around a bug in httplib, which we no longer use as a client
library. `31eb1bdc31e1d030844a6fdc7f4ba4286ec79d4f` made an analogous
change for httplib2.

`8a0eb69984a93852ec888cd3e02b778b0be758ed` made three major changes:

1. Proactively close sockets if they seem likely to be stale
2. Wrap the retry logic in a loop
3. Generalize catching `httplib.BadStatusLine` to `httplib.HTTPException`
   (which covers all kinds of malformed HTTP responses)

However, #1 functionally obsoletes the exception handlers added in the
earlier commits. Preemptively closing the sockets prevents httplib/2
from trying to reuse stale ones. So these exception handlers, along with
their retry loops, no longer serve their original purpose.

Remove this logic in favor of using the retry logic built into
googleapiclient. That logic is easier to configure and more refined.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Brett Smith <brett.smith@curii.com>

Merge branch '20475-dump-busy-queue'

closes #20475

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20472: Always do "select for update" before priority update

Code cleanup.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20470: Restore error selecting on invalid fields

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20468: Adds config knobs for RailsAPI & controller performance tuning.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Lucas Di Pentima <lucas.dipentima@curii.com>

20472: Need to make sure :id is selected in update_priority for reload

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20472: Add a couple more cancellation tests

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20472: Add a few comments and add container_tree function

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20472: Inherit priority being propagated down

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20472: Remove special handling of update_priority

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20470: Remove locks on containers table

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20470: Update priorities with a single stored query

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20470: Disallow selecting manifest_text on group contents

Because it currently won't be signed.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20475: Option to dump active requests when queue is >=90% full.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20470: Fix tests

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20457: Add dispatchcloud_probe_age_seconds_max and _median metrics.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '18790-log-client'

closes #18790

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20470: Handle nil selection, selecting on writable_by

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20470: Implement select parameter for 'contents' API calls

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20457: Include delayed supervisor containers in overquota metric.

Previously, supervisor containers that had high enough priority to
run, but weren't scheduled because of SupervisorFraction, were not
counted in the containers_over_quota metric. This caused the
"overquota" metric to show a misleading time series as non-supervisor
containers made their way through the queue and the delayed supervisor
containers flapped between "not allocated because quota" (counted) and
"not allocated because SupervisorFraction" (not counted).

With this change, un-mappable supervisors always count toward the
containers_not_allocated_over_quota metric.

This also applies the "unlock if previously locked but now delayed due
to SupervisorFraction" logic to supervisor processes, which was
previously overlooked. This prevents supervisors from staying in
Locked state after being bumped by higher-priority containers.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '20457-logs-and-mem-usage'

refs #20457

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20457: Don't keep non-"tmp" mounts in memory at all.

Only "tmp" mounts are relevant for dispatch.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '20432-getting-containers' refs #20432

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20432: Tweak "error checking states on API server" message

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

Merge branch '20447-less-table-locking'

fixes #20447

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20457: Add logging in test case wrt 503 responses.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20457: Don't keep ctr mounts in memory after computing node size.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20457: Implement MaxDispatchAttempts in test stub.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '20462-workflow-prefix' refs #20462

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20462: Move to util & use Brett's implementation

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20462: Refactor "common prefix" function & fix fencepost errors

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

20457: Log at info level when flapping lock at concurrency limit.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20447: Don't lock containers table for CR name/description updates.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

20447: Don't lock containers table for cost updates.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>

Merge branch '20422-cache-slot' refs #20422

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Peter Amstutz <peter.amstutz@curii.com>

18790: Enable follow mode with -f flag.

Arvados-DCO-1.1-Signed-off-by: Tom Clegg <tom@curii.com>