4951: localStorage lookup much simplified and handled during page loading.

3021: Bugfix for arvados_fuse.TagsDirectory to correctly merge tag list updates
with existing TagsDirectory entries.

3021: Use bind(0.0.0.0, 0) instead of grep /proc/net/tcp to find a port number.

Relax version limit of python-daemon dependencies.

We imposed this limit in 9c2e673ba96ba5d11e56a4aba67157e64dfe01e2.
The issues seem to be ironed out as of version 2.0.4.  See:

* <http://lists.alioth.debian.org/pipermail/python-daemon-devel/2015-January/000114.html>
* <https://bitbucket.org/pypa/setuptools/issue/338/__future__-imports-are-not-effective-in>

No issue #.

Merge branch 'master' into 4523-full-text-search

4951: actually add test assertion to verify that request access button was no longer displayed after a request was made.

4951: add test assertion to verify that request access button was no longer displayed after a request was made.

Merge branch 'master' into 4951-request-vm

3021: Merge branch 'master' into 3021-leave-api-running

Conflicts:
sdk/python/tests/test_websockets.py

3021: We use passenger in dev and test environments, too.

3021: Make sure any unexpected openssl output ends up on stderr.

3021: Reduce race potential by resetting database after fuse unmounts.

3021: Remove unused variable.

3021: Use kwargs to pass options through make_mount(). Dry up FuseTagsUpdateTest.

Merge branch '5141-workbench-numeric-inputs-wip'

Closes #5141, #5143.

5141: Workbench permits float values for number pipeline inputs.

Previously, when a pipeline input had the number dataclass, we
rendered the input form with type=number.  However, the Arvados number
dataclass is meant to allow all numeric types.  The HTML 5 number
input type only permits integers.

Unfortunately, X-Editable does not have any built-in validation for a
broader range of numeric types.  This commit simply removes any
validation.

3021: Give up earlier if ARVADOS_TEST_API_HOST is set but reset() fails.

3021: Reset env vars in any reset(), not just in start().

Avoid optional disk cache usage if it is owned by a different user. refs #2659.

5135: Workbench consistently orders modal buttons.

Primary buttons should be first from the right, following Bootstrap
conventions and Tom's edict.  Closes #5135.

Merge branch 'master' into 4523-full-text-search

Conflicts:
services/api/db/structure.sql

4523: preparing to merge master

3021: Set env var to empty string instead of removing it. Unsetenv isn't worth introducing a dependency on Go 1.4.

Merge branch 'master' into 4951-request-vm

5011: Add forward compatibility, so we don't need backward compatibility later.

4951: when a request for shell access is made, remember this in html5 localStorage so that on future revisits of the page (in the same browser) we can show an info message to that effect rather than showing the request button again.

4823: Remove commented out StreamWriter code from much earlier version of branch.

Merge branch 'master' into 4823-python-sdk-writable-collection-api

4823: Fix instance of Collection -> CollectionRoot.  Tweaked a couple of comments.

5011: Add tests and comments for redundancy vs. replication_desired attrs.

5011: Fix up docstring.

4823: Added apiconfig option to arvados.api() to accept a dict with
ARVADOS_API_HOST and ARVADOS_API_TOKEN keys.  Expanded comments on Collections
object.  Added convenience wrappers for creating CollectionRoot.

4823: Add root_collection() to make it easier to find the root.  Adjusted
semantics of save(), renamed save_as() to save_newC().  Now call save() on
close() when in SYNC_LIVE.  Release readfrom() now releases collection lock
before actually fetching blocks.

Merge branch '4472-save-partial-output' closes #4472

4823: Rename @_synchronized -> @synchronized and @_must_be_writable to @must_be_writable.  Fix arvfile tests.

5011: Dry up three different solutions for mocking keep_services().accessible().

4823: Another merge conflict test.

4823: Files now fall under collection's lock.  Add tests for merge conflicts.
Add modified flag to collections to detect deletions.

5011: Merge branch 'master' into 5011-arv-put-replication

3021: In start(), if a stale server is already running (but we can't reset() it), kill it.

3021: Check whether a randomly selected port is available before using it.

3021: Don't worry about env vars, run_test_server.py does that.

4951: trailing white space

4951: add tests for request shell access feature.

4951: add ajax handling for request shell access button.

3021: Fix use of inaccessible global in atexit handler.

3021: Remove ARVADOS_KEEP_PROXY support. (If you need to interfere
with the discovery mechanism from out-of-process, use some combination
of HTTP_PROXY, NO_PROXY, and a generic proxy server.)

3021: Set up a proxy-only keepclient manually, instead of communicating with global/env vars.

3021: Tidy up (and document) the choice of exactly which server we expect to run/reset/stop.

3021: Fix misspelled variable.

4823: Switched order of diff (now gives a diff *to* the target collection
instead of *from* the target collection).

4823: Add tests for Collection diff and apply.

Diagnostics testing: The test fails because there are 2 Run buttons in the Inputs tab right after choosing inputs. Click on Components tab before clicking on the Run button.

Merge branch 'master' into 4951-request-vm

Merge branch '2659-anonymous-share-projects' refs #2659

5011: Convert comment to docstring.

5011: Sync local_store_put/get() signatures to put/get(). Add docstrings.

5011: Use None, not 0, to signify default replication.

4951: send mail to request shell access to user

4823: Implemented diff/apply/update methods for Collection synchronization.  Needs tests.

2659: Use a partial instead of a switch block for the not-so-generic "create object" button. Don't show one at /jobs or /collections.

2659: Use assert_operator to help debug unreliable test.

2659: Split skip_around_filter back into two separate cases. 063c546 was misguided here.

5131: Document run-command's escape sequences.

Refs #5131.

2659: Do not turn on anonymous config by default in test mode; instead make the tests set it as needed.
Also convert some of the simple integration tests into controller tests.

2659: add publicly accessible pipeline instance and template to the list of objects to be expected in the project.

Merge branch '2659-anonymous-share-projects' of git.curoverse.com:arvados into 2659-anonymous-share-projects

Merge branch 'master' of git.curoverse.com:arvados into 2659-anonymous-share-projects

2659: Fix up chicken-and-egg conditions in seed setup.

2659: Fix infinite recursion while creating system_user.

Merge branch '2659-anonymous-share-projects' of git.curoverse.com:arvados into 2659-anonymous-share-projects

2659: tests do not "assume" that anonymous configuration is enabled.

2659: Token fail during download is 404 when anon token is enabled, 302 otherwise.

2659: Fix anonymous token test.

2659: add test cases where anonymous config is turned off for collections, jobs, pipeline instances, templates, and projects controller show method.

2659: Add separate test for "run pipeline" notification when anonymous token is configured, skip it for now.

2659: Do not ask to skip_around_filter(only:...) and skip_around_filter(if:...) for the same filter, because that doesn't work.

4823: Add tests for Collection.clone and Collection.merge

2659: Check anon config at runtime instead of boot time in skip_before_filter. This makes it possible for test cases to toggle behavior by changing configuration on the fly.

4823: Add Collection.copy tests

Merge branch '5131-run-command-consume-backslashes-wip'

Closes #5131, #5132.

5131: run-command consumes escape backslashes.

run-command has long recognized backslashes to inhibit
substitution, but it was leaving those backslashes in the string,
which could lead to incorrect commands.  This commit makes sure
they're removed after they're parsed.

2659: Remove obsolete "don't create jobs in workbench" rule.

2659: Update test to match changed error message.

2659: Remove obsolete "don't create collections in workbench" rule.

2659: Back out unneeded condition. Fix up whitespace.

2659: Toggle features according to editable? and creatable? instead of current_user.is_active. Fix up whitespace.

4823: Fix bugs, fix tests, existing tests pass again.  Still need to write new tests.

2659: Fix indentation.

2659: Use Collection.creatable? to toggle selection actions.

2659: Reload seeds (system_user et al.) after cache is cleared. Be more careful about errors while creating seeds.

5087: API server uses a crunch-job with bugfix.

Refs #5087.

2659: Set group_class=role on anonymous group, change name to "Anonymous users".

2659: Fix crash in /users/current when not logged in.

Merge branch 'master' into 4823-python-sdk-writable-collection-api

4823: Added merge(), live sync.  Removed deferred _populate().

2659: Fix up 404 page.

2659: Fix crashes when current_user is nil.

2659: Send anonymous token as a reader token with all requests.

2659: Finally understood the mystery behind the "anonymous tests are failing when run with all other tests".
There is a permission link fixture for anonymous group. I needed to create read permission link for anonymous user.
(Tom thinks) the groups permission cache may be getting out of sync somehow.