10272: Fix nil pointer dereference in help message. refs #10272

Merge branch '10234-git-httpd-config' refs #10234 refs #10263

10234: Remove doc.go, already superseded by usage.go.

Merge branch '10221-cwl-pathmapping' closes #10221

Merge branch '10259-cwl-pipeline' closes #10259

10234: Pass through gitolite env vars so old env-var-configured sites continue working.

10234: 10263: Update arvados-git-httpd docs to use systemd + config file.

10234: 10263: Use a GitoliteHome configuration entry instead of passing through gitolite env vars from the caller.

Merge branch '10236-disable-event-listening'
Closes #10236

10236: Merge branch 'master' into 10236-disable-event-listening

10234: Avoid trying to read real config file in test suite.

10234: Use YAML for example config file.

10234: Clean up program name (arvados-git-httpd) and config paths.

10234: Change default repo root from CWD to recommended path.

10008: Disable flaky test. refs #10008

Merge branch '10243-make-packing-optional'
Closes #10243

10243: Merge branch 'master' into 10243-make-packing-optional

10236: Added --disable-event-listening to arv-mount command so that it doesn't subscribe to any API Server event.
Also, added a test for this new feature.

Merge branch '9848-finalize-on-reuse' closes #9848

9848: Finalize container request immediately if resolving to an already-finished container.

10259: Workaround for spurious "job_order" on command line.  --no-wait returns
pipeline uuid.

10259: When using --submit with jobs API, create RunningOnServer pipeline
instance.  This is more similar to the way it works when you run a workflow
from workbench, and ensures that the pipeline will be marked completed even if
the arvados-cwl-runner client goes away.

10221: Don't depend on st.keepref from arvados.commands.run.statfile and uploadfile, use file_pattern to construct predictable keep reference.

10221: Add path mapper tests direct keep references, uploaded files, and keep mounted files.

10221: Always upload all dependencies up front.  Ensures consistent reuse
behavior between --local and --submit.  Fix pathmapping bugs where
previously-uploaded files were added to path map but not actually mapped to
target paths.

10243: Explicitly calling close(flush=False) on tests so that they work with this new feature.

Merge branch 'master' into 10243-make-packing-optional

Merge branch '9463-revert-arv-put-commit'
Refs #9463 #9701

9463: Reverted tests related to old arv-put version.

10243: Added a flush=True parameter to ArvadosFileWriter.close() so that the repacking feature is disabled by default.

Merge branch '9463-revert-arv-put-commit'
Refs #9463 #9701

9463: Commit old arv-put command back, as the new one still have some performance issues when dealing with a lot of files.

Do not try to chown_R the gid of .ssh, because we're making an
assumption about the existance of a group with the same name as the
user, and it's irrelevant anyway because the permissions on .ssh are
0700.

No issue #

refs #10144
Merge branch '10144-pipeline-display-perf'

10144: call object_for_dataclass only when attr value is not-nil.

10144: limit find_object_by_uuid update to the case where find is used; this will ensure that the object is not fetch again when show is used.

10144: Conver the link_to_log tests into controller tests so that the #show is executed.

10144: Preload children during (main) component display. The Job.where in pipeline_instance_work_unit is fetching all jobs even if they are not readable.

10144: Rename :by_name as "by_attr" for preload_objects_for_dataclass

10144: Preloading all the collection using one single large query is much slower than making several requests
with a smaller subset of  uuids/pdhs when displaying a pipeline instance with many jobs. Hence, make several
requests for 200 collections at a time.

10144: preload work_unit children

10144: preload repositories during work unit component display.

10144: Update link_to_if_arvados_object to use collection_for_pdh when resource_class is a Collection and attrvalue is a pdh.

10144: Replace work_unit -> link_to_log with partial so that preloaded objects are used.

Merge branch '10228-arvados-git-httpd-service'

closes #10228

package has a .service missing

refs #10228

Merge branch '9701-collection-pack-small-files-alt'
Closes #9701 #9463

9701: Replaced deprecated use of File.exists?() with File.exist()

9701: Fixed arv-put to pass a couple of pending sdk/cli tests. refs #9463

9701: Merge branch 'master' into 9701-collection-pack-small-files-alt

9701: Wrapping actual alloc_bufferblock and delete_bufferblock methods inside synchronized calls, to be able to use them from within already synchronized BlockManager methods.

Merge branch '10186-crunch2-slurm-partition' closes #10186

refs #10078
Merge branch '10078-dashboard-perf'

10078: Rename the workbench config param 'show_user_notifications_on_dashboard' as 'show_user_notifications' because they are in topnav, not on dashboard!

Merge branch 'master' into 10078-dashboard-perf

9701: Added clarifying comments to the small block searching list comprehension.

9701: Better bufferblock id generation.

9701: Superfluous variable eliminated

9701: Use a collection.OrderedDict instead of a simple dict to hold bufferblocks so that the packed files order is consistent. Updated related test.

Add the new KeepServiceURIs option in the crunch-dispatch-slurm
configuration file to the documentation.

Update the documentation for the crunch-dispatch-slurm configuration
file to have complete examples and use native YAML syntax.

refs #10041

Merge branch '10041-test-arvados-keep-services'

refs #10041

10041: Set ARVADOS_KEEP_SERVICES from Client.KeepServicesURIs field.

Make sure that we can set ARVADOS_KEEP_SERVICES via the
crunch-dispatch-slurm configuration file.

refs #10041 #9550

Small naming fix for the config variables.

refs #10078

Small naming fix for the config variables.

refs #10078

9701: Simplifying small bufferblock query

9701: Set repack_small_blocks() method as @synchronized

10186: "partition" container runtime constraint takes array of strings instead
of single name.

refs #10078
Merge branch '10078-dashboard-perf'

10078: Since we are not fetching components for pipeline instances (at least until the performance issues are resolved),
we will no longer see the running and queued jobs listed within each pipeline instance row in dashboard. Hence, update
test to look for these for a container request row instead of for a pipeline instance row.

10078: When fetching recent_processes, do not select 'components' which is not needed in this context. For very large pipelines, this will perform better.

10078: Now that the recent_collections panel includes collections from Home directory as well
(self and other users' for admin user), suppress displaying confusing '(none)' in place of a Home directory.

10078: add configuration parameter to suppress display of user notifications to improve dashboard performance

10078: config parameter to hide / show recent_collections panel in dashboard.

10078: preload collections and links during dashboard display

10078: Update recent_collections so that the collection query it is not executed twice, once in this method and once in show_dashboard for r[:collections].each statement.

10078: Update the Node.filter so that this query is not executed three times: once for nodes.sort_by and twice in compute_node_summary for nodes.select

10078: fix failing test due to new fixture addition

Merge branch '8018-container-retry' closes #8018

Bump cwltool version for bugfix https://github.com/common-workflow-language/cwltool/pull/206
refs #10203

10078: Since we are not fetching components for pipeline instances (at least until the performance issues are resolved),
we will no longer see the running and queued jobs listed within each pipeline instance row in dashboard. Hence, update
test to look for these for a container request row instead of for a pipeline instance row.

10078: When fetching recent_processes, do not select 'components' which is not needed in this context. For very large pipelines, this will perform better.

Merge branch '10077-workbench-integration-tests' closes #10077

Add explanatory comment about FIXME

Enumerate Directory contents in output when --compute-checksum is
provided (needed to pass CWL conformance tests).  No issue #

9701: Fixed a previous test to match new flush() behaviour. Added a new one to check
for small blocks packing.

9701: Several corrections/enhancements:
* Added a 'sync' parameter on repack_small_blocks() so that blocks commits can
  be done in either way depending from where it's called.
* Allow packing small buffer blocks up to a full block on Keep.
* Replaced ArvadosFile's _closed flag with a list of its ArvadosFileWriter objects,
  so that it's used as a reference counter.
* Moved ArvadosFile flush behaviour from ArvadosFileWriter.close() method to
  ArvadosFile.remove_writer() so that it can decide whether it should commit the
  buffer block or repack it with others.

9701: Reverted the use of the optional 'flush' argument on ArvadosFileWriter.close()

10186: Add PartitionRequirement

10186: Add support for "partition" in runtime_constraints.  Add --all to squeue to ensure that it sees all paritions.

8018: Additional assertions checking when container_uuid changes/does not change.

Merge branch '9307-cwl-use-tmp-output' closes #9307 closes #9308

Merge branch 'master' into 9307-cwl-use-tmp-output

Conflicts:
sdk/cwl/tests/test_job.py

9307: Improve crunchrunner error handling.  Fix typo.

Bump schema-salad & cwltool version for cwl document validation bugfix.  no issue #

9701: Test fixes

9701: Changes on the Python SDK to allow small file packing on Collection class:
* Added optional flush parameter to ArvadosFileWriter.close().
* Added _closed attribute & related accessors to ArvadosFile to enable BlockManager to query this state.
* For every ArvadosFile close() operation, call BlockManager to search for small blocks for repacking purposes.
* Do a last repacking operation just before exiting, joining the last small blocks even if they don't meet the
  minimum size requirement.

There's some pending code cleanup, as BlockManager fiddles directly with ArvadosFile._segments lists, some locking:
issues have to be solved.

9307: Bump tests to use v1.0 and make sure that arvados_cwl.add_arv_hints() is called.

9308: Set task.keepTmpOutput: true when outputDirType is keep_output_dir.

9308: Add test for KeepTmpOutput flag.