Merge branch '10576-cwl-keep-fetcher' closes #10576

10576: Tweak Docker docs and add pipeline deprecation notice.

10576: Fix formatting in cwl-run-options.  Fix dangling refs tutorial-pipeline-workbench.html

Merge branch 'master' into 10576-cwl-keep-fetcher

Conflicts:
sdk/cwl/setup.py

10576: Add ability to run pipeline templates containing CWL from command line.
Split out command line documentation from running CWL tutorial.

10576: Add retries to arvcontainer.  Add command line options to documentation.

10576: Integrate CWL extensions page, reorganize running and developing docs.

10576: Add CWL extensions page.

Nodemanager also logs libcloud package version, refs #10587

Merge branch '10587-node-manager-report-version' refs #10587

10587: Print arvados-node-manager package version on startup.

Merge branch '10276-remove-data-manager' closes #10276

10576: CWL tutorial documentation refactor WIP.

10276: Remove data manager (superseded by keep-balance).

10576: Set name default to name of workflow when running single command line
tools from workflow records.

Merge branch 'master' into 10576-cwl-keep-fetcher

Conflicts:
sdk/cwl/arvados_cwl/runner.py
sdk/cwl/tests/test_submit.py

10576: Bugfix, set self.uuid on ArvadosContainer.

Merge branch '10587-python-cli-version'
Closes #10587

10576: Set template_uuid when creating container request from workflow.  Set
default container request name from workflow name.

Merge branch '10674-wb-workflow-defaults' closes #10674

10674: Add test checking that "Run" button is disabled because required inputs
have not been filled in.

10585: Merge branch 'master' into 10587-python-cli-version

10674: Extend pipeline/workflow creation test to check that parameter with default value is filled in.

Merge branch '10681-cwl-wf-name-flag' closes #10681

10681: Add tests for workflow and template update.  Refactor slightly to reduce repetition.

Merge branch '10467-client-disconnect' refs #10467

10681: Apply --name flag to creating and updating workflows and pipeline templates.

Merge branch '10686-gce-list-image-project' refs #10686

10686: Specify explicit project when listing images to fix problem with default
behavior listing debian-cloud images.

Merge branch '10681-cwl-name-flag' closes #10681

Merge branch '10684-ssl-ro' refs #10684

10684: Use read-only bind mounts for certs and crunchrunner.

10587: Added setuptools dependency to install_requires lists on arvados-cwl-runner, arvados-python-client, arvados-fuse and arvados-node-manager.

10576: Fix tests for cwl.input.json part of container request record and not
placed in keep.

10587: Added setuptools dependency to fpm package building on arvados-python-client, arvados-fuse & arvados-node-manager.

10681: Add --name flag to set name on pipeline instances and container
requests.

10587: Removed use of multiprocessing module on --version tests. Added a common stderr/stdout redirector context manager for code reuse.

closes #10300
Merge branch '10300-pipeline-display-error'

10576: Fill in cwl.input.json as a "json" mount instead of creating a new collection.

Merge branch 'master' into 10576-cwl-keep-fetcher

10674: Initialize defaults when creating container request from workflow.

10587: Added tests to Python commands to check for the --version argument.

10576: Bump cwltool, schema-salad and rdflib-jsonld package versions.

10300: old pipeline display is failing due to min_nodes in runtime_constraints being a string; convert to integer to be able to view it.

10576: Bump cwltool and schema-salad versions.

README.md: add link to the Go Report Card for Arvados.

No issue #

closes #10215
Merge branch '10215-arvados-cwl-runner-version'

Merge branch 'master' into 10215-arvados-cwl-runner-version

closes #10604
Merge branch '10604-crunch2-user-guide'

10604: rename tutorial-pipeline-workbench.html as tutorial-workbench-workbench.html

Merge branch 'master' into 10604-crunch2-user-guide

Merge branch '10519-cr-fiddlesticks' closes #10519

Merge branch '10658-crunch-run-missing-files' closes #10658

Merge branch '10649-squeue-stderr' closes #10649

Fix typo in comment.

No issue #

10576: Running jobs from keep: and arv: prefixes WIP.  Tests passing, needs some integration testing.

10215: if version arg is used, just display version info and exit.

10576: Add resolver to execute from keep references and arvados workflow
records.  Add test for keep references in workflow default input.

10576: Tests & fixes for keep ref url join.

10576: Working on fetch & url join for keep references.

10519: added a test to check Run button when an empty workflow is used with no required inputs.

Bump package iteration on arvados-docker-cleaner for dependency fix.  no issue #

Pin websocket-client backport dependency to 0.37.0 to avoid tertiary dependency
problems on debian7 and ubuntu1204.  no issue #

Merge branch 'master' into 10519-cr-fiddlesticks

refs #10293
Merge branch '10293-cr-log-and-output-in-wb'

Merge branch '5737-fix-broken-test-with-231'
refs #5737

10293: update test assertion to expect output collection name, instead of pdh.

5737: Updated test so it pass on both 2.1 and 2.3 ruby versions.

Merge branch 'master' into 10293-cr-log-and-output-in-wb

Use regex to determine whether to print help text for arvbash.sh. refs #10655

Merge branch '10655-arvbash' closes #10655

Merge branch '10647-dev-jobs-image' closes #10647

10604: add crunch1 only note to arv-copy documentation.

Update arvbox to work with passenger 5.0, refs #5737

10519: Don't fiddlesticks on uncomitted container request page if workflow or
cwl.input.json are missing.

Fix bug done.done() not returning output value.  refs #10293

10293: update container_work_unit to look for output_uuid and log_uuid for a container_request, rather than using those from the associated container.

10658: Put container into cancelled state on error during docker load or mount
setup.

10658: Flush logs even when maintaining container in queued state.

10649: Make errors emitted by squeue and scancel show up in logs.

10655: Add arvbash to tools/

10604: add pages to write and run workflows.

Merge branch '5737-ruby231'
refs #5737

5737: Merge branch 'master' into 5737-ruby231

Merge branch '10651-cwl-submit-runner-ram' refs #10651

Merge branch 'origin-10293-cwl-cr-output' closes #10293

10293: Update test_done to test more stuff and remove redundant test_done_use_existing_collection.

10651: Check --submit-runner-ram has a valid value.  Add tests.

10293: Fix error message when wrong --api provided.

10651: Add --submit-runner-ram to specify amount of RAM that should be
allocated for workflow runner job or container.

10293: Avoid noisy and unhelpful error when cwl.output.json is missing.

10587: Add --version argument to arvados-node-manager.

10293: Improve error messages for --api and unsupported InitialWorkDirRequirement.

10293: Don't try to json decode empty output file to reduce spurious errors.

10293: Override workflow runner done() to get container from container request.

10293: Bug fixes

* Now polling state on self.poll_api.container_requests() table
* Runner object puts "self" into processes table
* Don't report spurious ApiError when not running in container

10587: Added --version to arv-mount command.

10587: Adding --version argument to Python SDK cli commands

10604: Update the "Running a pipeline using Workbench" to talk about "workflows"

10647: Get necessary version of cwltool from sdk/cwl/setup.py instead of
listing it in two places.